如何将scipy.weave.inline与外部C库一起使用？

Question

我试图理解weave.inline在我的Python程序中包装C代码.下面的代码简单地使用Numpy数组并将其所有元素乘以2.

inl.py

import numpy
import scipy.weave

a = numpy.array([1.0, 2.0, 3.0])
N = a.shape[0]

print a
code = \
  """
  int i;
  for(i = 0; i < N; i++)
  {
    a[i] = a[i] * 2;
  }
  """

scipy.weave.inline(code, ['a','N'])
print a

然后我想将内联代码中的一些函数传递给外部库.让它成为2的琐碎乘法.所以我创建了两个文件:

mult.c

#include "mult.h"

float mult(float n)
{
  return n * 2;
}

mult.h

float inc(float n);

现在我想在我的内联代码中使用函数mult.但我不知道如何将我的C文件与Python内联代码链接起来.我试图将C文件编译为共享库,并将它们作为头文件和库传递,但这是徒劳的.有什么建议？

Answer 1

我已成功完成此操作,通过weave.inline()代码(在Ubuntu Linux下)从R调用数学函数.

首先,将C函数编译为共享库.就我而言,我从CRAN手中抢到了最近发布的R版本

./configure --enable-R-static-lib --enable-static --with-readline=no
cd src/nmath/standalone/
make

你现在应该有一个名为的文件libRmath.so.如果libpath是包含目录的字符串,则libRmath.so可以执行类似的操作

code = 'return_val = pbinom(100, 20000, 100./20000., 0, 1);'
support_code = 'extern "C" double pbinom(double x, double n, double p, int lower_tail, int log_p);'
weave.inline(code, support_code=support_code,
    library_dirs=[libpath], libraries=["Rmath"], runtime_library_dirs=[libpath])

注意几件事.头文件声明必须进入support_code,而不是code(我不知道为什么),并且它们必须带有前缀,extern "C"因为它们是C代码,而不是C++(这是标准的).应该可以包含头文件而不是使用support_code(检查weave.inline的文档),但我还没有尝试过.库名是Rmath,但共享库文件是libRmath.so通常的Unix惯例.并且指定库的路径两次,一次用于链接,一次用于执行.

希望这可以帮助!