如何在R ggplot2中限制x轴后自动重新计算y轴刻度

Question

我正在使用 ggplot2 从大量数据帧中绘制一些光谱数据。我想将图表限制为仅 400 到 900 nm 之间的波长。我知道如何使用scale_x_continuous() 或xlim() 设置x 轴限制。问题是，完成此操作后，y 轴不会自动重新调整为显示的最小/最大值。我不想手动设置它，因为我的循环处理的每个数据帧都有不同的范围。

我的数据框列表在哪里summary，然后这段代码给了我一个绘图列表，没有调整轴：

plotlist <- list()
for(i in 1:length(summary)){
  plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) +
    geom_line(aes(color=Sample)) +
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5) +
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) +
    theme_classic()
}
plotlist[[33]]

这给了我： 没有轴调整的绘图

如果我将 x 轴调整为 400 - 900，如下所示：

plotlist <- list()
for(i in 1:length(summary)){
  plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) +
    scale_x_continuous(name="Wavelength (nm)", limits=c(400, 900), expand=c(0,0)) +
    geom_line(aes(color=Sample), na.rm=TRUE) +
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5, na.rm=TRUE) +
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) +
    theme_classic()
}
plotlist[[33]]

然后我得到这个图，其中 x 轴正确，但 y 轴的比例现在对于显示的数据来说太大： Plot with Correct x-axis, but bad y-axis

如何自动将 y 轴调整到适当的最小值/最大值，但仅限于 x 轴的 400-900 nm 范围？

Answer 1

这是一个可能的解决方案。但是，由于我无法访问您的数据，因此我无法测试它是否真正有效。

您可以在构建绘图之前定义波长范围的最大平均值，然后在 ylim 函数中调用该值。

我添加的两行是：

 y_scale <- max(summary[[i]]$average[summary[[i]]$Wavelength >= 400 & summary[[i]]$Wavelength <= 900])

和，

ylim(0, (y_scale + 0.5))+

最终代码如下所示：

plotlist <- list()
for(i in 1:length(summary)){
  y_scale <- max(summary[[i]]$average[summary[[i]]$Wavelength >= 400 &   summary[[i]]$Wavelength <= 900])
  plotlist[[length(plotlist)+1]] <- ggplot(summary[[i]], aes(Wavelength, average)) +
    scale_x_continuous(name="Wavelength (nm)", limits=c(400, 900), expand=c(0,0)) +
    ylim(0, (y_scale + 0.5))+
    geom_line(aes(color=Sample), na.rm=TRUE) +
    geom_linerange(aes(ymin=average-sem, ymax=average+sem, color=Sample), alpha=0.5, na.rm=TRUE) +
    ylab("Absorbance (AU)") + ggtitle(names(summary)[i]) +
    theme_classic()
}
plotlist[[33]]

希望这可以帮助！