升级所有标准包，同时保留非标准包

Question

有时 GNU R 有一个问题，Hadley Wickham建议：

我建议您重新安装所有软件包。

问题是如何以最好的方式做到这一点。我知道install.packages或update.packages将升级所有软件包版本并覆盖现有版本：

update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)

使用 CRAN 包时（GitHub 或其他来源没有什么特别之处），这种天真的方法对我有用：

my.packages <- rownames(installed.packages());
install.packages(my.packages);

例如，如果我从 GitHub 安装了开发版本，或者使用了一些未公开共享的本地包，我该怎么办？

我正在寻找的是一种方法：

1. 检查新安装（升级/降级）导致的软件包更改；
2. 从同一来源再次安装软件包；和
3. 备份我的旧包文件夹。

我该如何满足这些要求？

Answer 1

(1) 的部分解决方案 - 找出哪些软件包将被升级/降级：

my.packages <- installed.packages();
my.avail <- available.packages();

z <- merge(
      my.packages[,c("Package","Version")],
      my.avail[,c("Package","Version")],
      by = "Package", suffixes = c('.my','.avail'));

z$Version.my <- as.character(z$Version.my)
z$Version.avail <- as.character(z$Version.avail)

# my packages which will be upgraded
subset(z, Version.my < Version.avail)

# my packages that will be downgraded
subset(z, Version.my > Version.avail)

我认为这只是近似值 - 根据依赖关系，您可能无法获得所有升级。但是如果使用开发版本，您应该会看到预期的降级吗？

升级所有软件包的另一种方法是使用以下命令：