在凝聚聚类中指定最大距离（scikit learn）

Question

使用聚类算法时，您始终必须指定关闭参数。

我目前正在使用 scikit learn 的凝聚聚类，我能看到的唯一关闭参数是集群的数量。

agg_clust = AgglomerativeClustering(n_clusters=N)
y_pred = agg_clust.fit_predict(matrix)

但是我想找到一种算法，您可以在其中指定集群元素内的最大距离，而不是集群数量。因此，该算法将简单地聚集集群，直到达到最大距离。

有什么建议吗？

Answer 1

您正在寻找的内容在scipy.cluster.hierarchy中实现，请参阅此处。

所以你可以这样做：

from scipy.cluster.hierarchy import linkage, fcluster
y_pred = fcluster(linkage(matrix), t, criterion='distance')  

# or more direct way
from scipy.cluster.hierarchy import fclusterdata
y_pred = fclusterdata(matrix, t, criterion='distance')