删除 dicom 图像中的像素注释

Question

我正在分析医学图像。所有图像都有一个带有位置的标记。看起来像这样

这是该图像中的“TRH RMLO”注释，但在其他图像中可能有所不同。而且大小也不同。图像已被裁剪，但您会看到组织从右侧开始。我发现这些标记的存在扭曲了我的分析。

我怎样才能删除它们？

我像这样在 python 中加载图像

import dicom
import numpy as np

img = dicom.read_file(my_image.dcm)
img_array = img.pixel_array

那么图像就是一个 numpy 数组。白色文本始终被大片黑色区域包围（黑色值为零）。标记在每个图像中位于不同的位置。

如何在不损害组织数据的情况下删除白色文本。

更新

添加了第二张图片

UPDATE2：这是两个原始的 dicom 文件。所有个人信息已被删除。编辑：删除

Answer 1

查看您提供的图像的实际像素值，您可以看到标记几乎 (99.99%) 纯白色，并且这种情况不会发生在图像的其他位置，因此您可以使用简单的 99.99% 阈值将其隔离。

我更喜欢在命令行使用ImageMagick ，所以我会这样做：

convert sample.dcm -threshold 99.99% -negate mask.png

convert sample.dcm mask.png -compose darken -composite result.jpg

当然，如果样本图片不具有代表性，你可能还得下点功夫。让我们看看那个...

如果简单的阈值不适用于您的图像，我会看看“Hit and Miss Morphology”。基本上，您将图像阈值设置为纯黑和白（例如大约 90%），然后寻找特定的形状，例如标签上的角标记。因此，如果我们想要在黑色背景上查找白色矩形的左上角，并且我们使用0表示“该像素必须是黑色”，1表示“该像素必须是白色”并-表示“我们不不在乎”，我们会使用这种模式：

0 0 0 0 0
0 1 1 1 1
0 1 - - -
0 1 - - -
0 1 - - -

希望您能在那里看到白色矩形的左上角。在终端中会是这样的：

convert sample.dcm -threshold 90% \
  -morphology HMT '5x5:0,0,0,0,0 0,1,1,1,1 0,1,-,-,- 0,1,-,-,- 0,1,-,-,-' result.png

现在我们还想寻找右上角、左下角和右下角，因此我们需要旋转图案，当您添加标志时，ImageMagick>可以轻松执行此操作：

convert sample.dcm -threshold 90% \
   -morphology HMT '5x5>:0,0,0,0,0 0,1,1,1,1 0,1,-,-,- 0,1,-,-,- 0,1,-,-,-' result.png

希望您现在可以看到划分徽标角的点，因此我们可以要求ImageMagick修剪图像中所有无关的黑色，只留下白点，然后告诉我们边界框：

cconvert sample.dcm -threshold 90% \
   -morphology HMT '5x5>:0,0,0,0,0 0,1,1,1,1 0,1,-,-,- 0,1,-,-,- 0,1,-,-,-' -format %@ info:
308x198+1822+427

因此，如果我现在在这些坐标周围画一个红色框，您可以看到检测到标签的位置 - 当然在实践中我会画一个黑色框来覆盖它，但我正在解释这个想法：

convert sample.dcm -fill "rgba(255,0,0,0.5)" -draw "rectangle 1822,427 2130,625" result.png

如果您希望脚本自动执行此操作，我会使用类似的内容，将其另存为HideMarker：

#!/bin/bash
input="$1"
output="$2"

# Find corners of overlaid marker using Hit and Miss Morphology, then get crop box
IFS="x+" read w h x1 y1 < <(convert "$input" -threshold 90% -morphology HMT '5x5>:0,0,0,0,0 0,1,1,1,1 0,1,-,-,- 0,1,-,-,- 0,1,-,-,-' -format %@ info:)

# Calculate bottom-right corner from top-left and dimensions
((x1=x1-1))
((y1=y1-1))
((x2=x1+w+1))
((y2=y1+h+1))
convert "$input" -fill black -draw "rectangle $x1,$y1 $x2,$y2" "$output"

然后你可以这样做以使其可执行：

chmod +x HideMarker

并像这样运行它：

./HideMarker someImage.dcm  result.png