批处理:GNU-make,Snakemake还是什么？

Question

我需要通过将它们传递给matlab或python脚本来处理目录中的一组文件.

对于目录中的每个输入文件FileName.IN,我需要获取输出文件FileName.OUT.

如果解决方案是Python或bash脚本并不重要.

为了实现我的目标,我尝试了GNU Make(或Python Snakemake),但是我有点卡在它上面.看起来我可以说GNU Make要做: "嘿,对于每个输出(目标)文件FileName.out搜索相应的FileName.IN(先决条件)".

然而,如前所述,我想要做的恰恰相反.

• 是make(或snakemake)正确的选择？
• 你还有什么建议？

我的makefile代码看起来像这样,但它不能完成这项工作(我是GNU make的新手):

in_files = *.IN
out_files = *.out
$(out_files) : $(in_files)
    matlab -nosplash -nodesktop -r "a_matlab_function('$<','$@')"

Answer 1

我对Snakemake一无所知,但在GNU Make中你可以转换in_files为out_files:

in_files = $(wildcard *.IN)
out_files = $(in_files:.IN=.out)

然后你制作一个取决于所有输出的虚拟目标:

all: $(out_files)
.PHONY: all

最后,从一个输入创建一个输出的规则:

%.out: %.IN
    matlab -nosplash -nodesktop -r "a_matlab_function('$<','$@')"