解析PubMed与Entrez的发布数据的问题

Question

我正在尝试使用Entrez将发布数据导入数据库.搜索部分工作正常,但当我尝试解析时:

from Bio import Entrez

def create_publication(pmid):

    handle = Entrez.efetch("pubmed", id=pmid, retmode="xml")
    records = Entrez.parse(handle)
    item_data = records.next()
    handle.close()

...我收到以下错误:

文件"/venv/lib/python2.7/site-packages/Bio/Entrez/Parser.py",第296行,解析引发ValueError("XML文件不代表列表.请使用Entrez.read而不是Entrez .parse")ValueError:XML文件不代表列表.请使用Entrez.read而不是Entrez.parse

这段代码以前一直工作到几天前.有什么想法可能会出错吗？

此外,查看源代码(http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Entrez-pysrc.html)并尝试按照列出的示例,给出相同的错误:

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "Your.Name.Here@example.org"
handle = Entrez.efetch("pubmed", id="19304878,14630660", retmode="xml")    
records = Entrez.parse(handle) 
for record in records: 
    print(record['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']) 
handle.close()

Answer 1

正如其他评论和GitHub Issue中记录的那样，该问题是由 NCBI Entrez Utilities Developers 故意更改引起的。正如 Jhird 在本期中所记录的，您可以将代码更改为以下内容：

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "Your.Name.Here@example.org"
handle = Entrez.efetch("pubmed", id="19304878,14630660", retmode="xml")  

records = Entrez.read(handle)      # Difference here
records = records['PubmedArticle'] # New line here  

for record in records: 
    print(record['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']) 
handle.close()