有没有办法在R中读写内存文件？

Question

我正在尝试使用R来分析大型DNA序列文件(fastq文件,每个文件几千兆字节),但这些文件的标准R接口(ShortRead)必须立即读取整个文件.这不适合内存,因此会导致错误.有什么方法可以一次读取几(千)行,将它们填入内存文件,然后使用ShortRead从内存文件中读取？

我正在寻找像Perl的IO :: Scalar这样的东西.

Answer 1

看起来 ShortRead 很快就会添加一个“FastqStreamer”类来完成我想要的事情。