错误:无效的分组因子规范

Question

我正在尝试使用glmer模型珊瑚招募并在重新调整变量后运行模型时出现错误"错误:无效的分组因子规范,站点".非常感谢

m1<-glmer(Tot~cs.Tile(Tile)+cs.Coral_T(Coral_T)+cs.Sponge(Sponge)+
cs.Turf(Turf)+cs.Acro(Acro)+cs.Por(Por)+cs.Poc(Poc)+
cs.Mer(Mer)+cs.Agar(Agar)+cs.Fav(Fav)+
cs.Den(Den)+cs.Sid(Sid)+cs.CCA(CCA)+cs.Soft(Soft)+
  (1|Site), 
family=poisson, data=data)

我有16个变量和368个obs:

str(data)
'data.frame':   368 obs. of  16 variables:
 $ Site   : Factor w/ 25 levels "Eight","Eighteen",..: 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 ...
 $ Tile   : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ Tot    : int  28 24 17 13 29 19 6 13 14 4 ...
 $ Coral_T: num  32.6 32.6 32.6 32.6 32.6 ...
 $ Sponge : num  0.206 0.206 0.206 0.206 0.206 ...
 $ Turf   : num  32.3 32.3 32.3 32.3 32.3 ...
 $ Acro   : num  3.45 3.45 3.45 3.45 3.45 ...
 $ Por    : num  1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 ...
 $ Poc    : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Mer    : num  0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 ...
 $ Agar   : num  24.2 24.2 24.2 24.2 24.2 ...
 $ Fav    : num  1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 ...
 $ Den    : num  1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 ...
 $ Sid    : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ CCA    : num  0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 ...
 $ Soft   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

Answer 1

update.merMod在重新调整变量之后,我在调用时遇到了同样的错误.在通过traceback()堆栈挖掘并使用缩放和未缩放的数据集翻找我在那里找到的东西之后,我发现问题出现在模型框架的创建中,并且因为我的缩放和居中算法未能解释NA原始变量中的值.我最初执行的居中/缩放如下:

csData <- data %>% mutate(Var1 = (Var1 - mean(Var1) / sd(Var1),
                          Var2 = (Var2 - mean(Var2) / sd(Var2))

其中一个NA变量中有一些值,并且以这种方式缩放和居中导致了一个空(全部NA)向量csData.随后(并且默默地)导致从中返回空框架model.frame().虽然空框架错误导致错误,但它(错误)是由于我(错误)NA在重新缩放期间处理变量中的值而产生的.为我设置na.rm=TRUE呼叫sd()并mean()解决问题:

csData <- data %>% mutate(Var1 = (Var1 - mean(Var1, na.rm=TRUE) / sd(Var1, na.rm=TRUE),
                          Var2 = (Var2 - mean(Var2, na.rm=TRUE) / sd(Var2, na.rm=TRUE))