如何在ggplot2(R)中绘制多组均值和置信区间？

Question

我的数据看起来像这样:

A  B  C
8  5  2
9  3  1
1  2  3
3  1  2
4  3  1

我需要使用ggplot2绘制每个方法的均值以及置信区间.我还想从数据迭代中获得置信区间(例如,使用stat_summary(fun.data = mean_cl),但是我不知道如何绘制这种格式的数据的方法.

我尝试了以下代码,但它没有运行.我不确定第2行需要进入什么.

pd <- position_dodge(0.78)
ggplot(dat, y = c(dat$A,dat$B,dat$C) + ylim(0,10) + theme_bw()) + 
  stat_summary(geom="bar", fun.y=mean, position = "dodge") + 
  stat_summary(geom="errorbar", fun.data=mean_cl_normal, position = pd)

我收到以下错误:

Warning messages:
1: Computation failed in `stat_summary()`:
object 'x' not found 
2: Computation failed in `stat_summary()`:
object 'x' not found

Answer 1

您的数据不是长格式,这意味着它应如下所示:

thing<-data.frame(Group=factor(rep(c("A","B","C"),5)),
                  Y = c(8,9,1,3,4, 
                        5,3,2,1,3,
                        2,1,3,2,1)
                  )

您可以使用类似的功能melt()来帮助获取reshape2包中的数据格式.

一旦你的,你也得(前手工计算数据的手段和SE ggplot或通过正确的表达式中stat_summary的ggplot).您可能已从示例中复制/粘贴,因为您正在使用的函数(例如mean_cl_normal)可能未定义.

那我们手工做吧.

library(plyr)

cdata <- ddply(thing, "Group", summarise,
               N    = length(Y),
               mean = mean(Y),
               sd   = sd(Y),
               se   = sd / sqrt(N)
)
cdata

#Group N mean       sd       se
#1     A 5  4.0 2.236068 1.000000
#2     B 5  3.8 3.033150 1.356466
#3     C 5  1.8 1.788854 0.800000

现在你可以使用了ggplot.

pd <- position_dodge(0.78)

ggplot(cdata, aes(x=Group, y = mean, group = Group)) +
   #draws the means
      geom_point(position=pd) +
   #draws the CI error bars
      geom_errorbar(data=cdata, aes(ymin=mean-2*se, ymax=mean+2*se, 
      color=Group), width=.1, position=pd)

这给出了附图.