在Pandas中加载.rds文件

Question

我已经下载了一个格式为.rds的文件,如何用Pandas加载它？它应该是一个R文件,但我无法找到有关如何加载它的任何信息.

Answer 1

您可以通过以下方式将rpy2接口用于Pandas:

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

readRDS = robjects.r['readRDS']
df = readRDS('my_file.rds')
df = pandas2ri.ri2py(df)
# do something with the dataframe

Answer 2

如果您不想安装R（rpy2需要它），则有一个新的软件包“ pyreadr”可以非常轻松地读取Rds和RData文件。

它是C库librdata的包装，因此速度非常快。

您可以使用pip轻松安装它：

pip install pyreadr

然后，您可以读取rds文件：

import pyreadr

result = pyreadr.read_r('/path/to/file.Rds') # also works for RData

# done! 
# result is a dictionary where keys are the name of objects and the values python
# objects. In the case of Rds there is only one object with None as key
df = result[None] # extract the pandas data frame 

仓库在这里：https : //github.com/ofajardo/pyreadr

免责声明：我是此程序包的开发人员。

Answer 3

为了跟进@mgalardini 的回答，在较新版本的 rpy2（3.0.4 版）中，将 R 数据帧转换为 Pandas 数据帧的方法已更改：

>>> rpy2.__version__
'3.0.4'
>>> import rpy2.robjects as robjects
>>> from rpy2.robjects import pandas2ri
>>> readRDS = robjects.r['readRDS']
>>> df = readRDS('my_file.rds')
>>> df = pandas2ri.rpy2py_dataframe(df)