自定义 R 箱线图

Question

我想绘制某种箱线图，显示我的数据的中位数。与常规 Box-Plot 相比，我想将框扩展到我的数据的最小值和最大值，而不是四分位数。例子：

x <- c(1,3,5,7,9)

x 的常规 Boxplot 将具有以下统计信息：

• 1：下晶须
• 3：盒子下端
• 5：中位数
• 7：盒子上端
• 9：上须

我想得到：

• 1：盒子下端
• 5：中位数
• 9：盒子上端

谁能帮助我？

Answer 1

在ggplot您可以通过呼叫设置它们明确地控制这些临界值。

ggplot() +
  geom_boxplot(
    aes(x = 1
        , lower = min(x)
        , middle = median(x)
        , upper = max(x)
        , ymin = min(x)
        , ymax = max(x))
    , stat = "identity"
  )

如果您有多个组，您可能希望先分别计算这些点。在这里，使用dplyr

iris %>%
  group_by(Species) %>%
  summarise(min = min(Petal.Length)
            , max = max(Petal.Length)
            , median = median(Petal.Length)
            ) %>%
  ggplot() +
  geom_boxplot(
    aes(x = Species
        , lower = min
        , middle = median
        , upper = max
        , ymin = min
        , ymax = max)
    , stat = "identity"
  )

如果你想添加一个“图例”，你可能需要做更多的调整。但是，cowplot简单地创建一个以您想要的方式标记的图，然后将其用作图例相对容易。下面，我创建与上面相同的箱线图（但将其保存到变量中）并创建一个新图作为图例（根据需要进行修改）。

basePlot <-
  iris %>%
  group_by(Species) %>%
  summarise(min = min(Petal.Length)
            , max = max(Petal.Length)
            , median = median(Petal.Length)
  ) %>%
  ggplot() +
  geom_boxplot(
    aes(x = Species
        , lower = min
        , middle = median
        , upper = max
        , ymin = min
        , ymax = max)
    , stat = "identity"
  )


legendPlot <-
  data.frame(lower = 1, middle = 2, upper = 3) %>%
  ggplot(
    aes(x = 1
        , lower = lower
        , middle = middle
        , upper = upper
        , ymin = lower
        , ymax = middle
    )
  ) +
  # ggtitle("Legend") +
  geom_boxplot(stat = "identity") +
  scale_y_continuous(
    name = ""
    , breaks = 1:3
    , labels = c("Minimum", "Median", "Maximum")
  ) +
  scale_x_continuous("Legend", position = "top") +
  theme(axis.text.x = element_blank()
        , axis.title.x = element_text(face = "bold"))

然后，加载cowplot（请注意，我正在重置主题，因为会cowplot自动加载它自己的主题，而我并不关心它）并使用plot_grid. 请注意，这里我创建了两个单独的列，以使图例更小并垂直居中。你可以玩rel_widths和rel_heights，如果你要调整的细节。（scale也是一个选项，但我不喜欢它的工作方式rel_widths。）

library(cowplot)
theme_set(theme_minimal())


plot_grid(
  basePlot
  , plot_grid(
    ggplot()
    , legendPlot
    , ggplot()
    , ncol = 1
  )
  , rel_widths = c(1, 0.33)
)

给