使用 graphviz 将节点固定到列中

Question

我正在尝试使用 Graphviz 复制这个图（该图是在 LaTeX 中生成的）：

经过各种搜索和阅读，我已经做到了这一点：

我对获得超级和订阅不感兴趣。我很确定如果我真的想的话我可以弄清楚这么多。我想要做的是确保节点全部位于 3 x 3 网格中，并且良好对齐。正如你所看到的，我的制作并不一致。我的代码如下。（该图是使用DiagrammeR 包在R 中制作的。

到目前为止，我已经尝试使用[pos='1,1!',pin=true], 并在三乘三网格上增加位置索引，但它根本没有改变结果。

有什么提示吗？

库（图R）

grViz(
  "
digraph {

  graph [overlap = true, fontsize = 10]
    node [shape=circle] 
    Q11 [pos='1,1',pin=true]
    Q21 [pos='2,1',pin=true]
    Y1  [fillcolor=lightgray,style=filled,pos='3,1',pin=true]

    Q11 -> Q21
    Q11 -> Y1
    Q21 -> Y1

    node [shape = circle]
    Q12
    Q22
    Y2 [fillcolor=lightgray,style=filled]

    Q12 -> Q22
    Q12 -> Y2
    Q22 -> Y2

    node [shape = circle]
    Q13
    Q23
    Y3 [fillcolor=lightgray,style=filled]

    Q13 -> Q23
    Q13 -> Y3
    Q23 -> Y3


  {rank = same; Q11; Q12; Q13}
  Q11 -> Q12
  Q12 -> Q13

  {rank = same; Q21; Q22; Q23}
  Q21 -> Q22
  Q22 -> Q23
}
  ",
engine = 'neato')

Answer 1

您应该通过添加属性来禁用边缘上的一些约束constraint=false。

digraph {
    graph [fontsize=10]
    node [shape=circle] 
    Q21
    Q22
    Q23
    Q12
    Q11
    Q13

    Q21 -> Q22 [constraint=false]
    Q22 -> Q23 [constraint=false]

    Q11 -> Q21
    Q11 -> Y1 [constraint=false]
    Q21 -> Y1

    Q12 -> Q22
    Q12 -> Y2 [constraint=false]
    Q22 -> Y2


    Q13 -> Q23
    Q13 -> Y3 [constraint=false]
    Q23 -> Y3

    {rank = same; Q11; Q12; Q13;}
    Q11 -> Q12 [constraint=false]
    Q12 -> Q13 [constraint=false]

    {rank = same; Q21; Q22; Q23}
    Y3 [fillcolor=lightgray,style=filled]
    Y2 [fillcolor=lightgray,style=filled]
    Y1 [fillcolor=lightgray,style=filled]
}

此代码将生成下图。

请查看http://graphviz.it/#/LXfbjEui以获取工作演示。