在 r 中为多个箱线图创建循环

Question

我设计了一个实验来观察进餐后血清标记物如何随时间变化。我有一个由 72 个观察值和 23o 个变量组成的数据框，称为 BreakfastM。

有 229 个变量是血清标记物，1 个是时间点。观察结果是不同的样本

我正在寻找血清标记物（即胆固醇）如何随时间点变化的数据趋势。我创建了一个箱线图，它很好地显示了特定血清标记物相对于时间点的趋势

这是我使用的代码

boxplot((BreakfastM$Variable~BreakfastM$Timepoint))

有没有一种快速方法可以通过在 R 中编写循环代码来根据时间点测试数据帧中的所有变量？

Answer 1

如果您只是想绘图，使用tidyr(and dplyr) 转换为长格式，然后使用 绘图ggplot2可能是最好的起点。

如果您只有少量变量，则可以仅使用facet_wrap按度量分割箱线图。因为您没有提供可重现的数据，所以我正在使用这些mtcars数据，用“齿轮”代替您的时间点，并仅限于要比较的数值。select正在选择我想要使用的列，然后gather将它们转换为长格式，然后再传递给ggplot

mtcars %>%
  select(gear, mpg, disp:qsec) %>%
  gather(Measure, Value, -gear) %>%
  ggplot(aes(x = factor(gear)
             , y = Value)) +
  geom_boxplot() +
  facet_wrap(~Measure
             , scales = "free_y")

现在，有 229 个变量，这将不是一个可读的图。相反，您可能想查看facet_multiple从ggplus哪个方面将面分布到多个页面上。在这里，我使用它在每个“页面”中放置一个，您可以根据您的需要在查看器中查看或保存。

首先，保存基本图（没有分面）：

basePlot <-
  mtcars %>%
  select(gear, mpg, disp:qsec) %>%
  gather(Measure, Value, -gear) %>%
  ggplot(aes(x = factor(gear)
             , y = Value)) +
  geom_boxplot()

然后，使用它作为参数facet_multiple：

facet_multiple(basePlot, "Measure"
               , nrow = 1
               , ncol = 1
               , scales = "free_y")

将生成与上面相同的面板，但每页一个（更改nrow并ncol可以增加每页显示的面数）。