如何使用plink将vcf文件转换为ped文件？

Question

我正在尝试使用 plink 将 .vcf 文件转换为 .ped 文件。我在网上看了一些手册和帖子，但似乎没有人特别提到如何将vcf转换为ped。

我希望这里可能有一些专家，他们有使用plink将vcf转换为ped的经验。如果您能分享知识，我将不胜感激。此外，如果有另一种方式（非链接）这样做，请分享。

谢谢！

Answer 1

我使用 VCFtools 将 vcf 文件转换为 PLINK 格式（ped、fam、map）： https: //vcftools.github.io/man_latest.html

我的命令如下所示：

vcftools --vcf my_data.vcf --out my_data --plink

Answer 2

Plink 提供了自己的功能，用于将 vcf（和其他格式）文件转换为与 plink 兼容的文件。您要查找的命令是重新编码，实际命令如下所示：

plink --vcf myfile.vcf.gz --recode --out myfile