如何正确绘制networkx图

Question

我得到了这个代码,它允许我绘制如下面发布的图表

import networkx as nx
import pylab as plt
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout


G = nx.DiGraph()
G.add_node(1,level=1)
G.add_node(2,level=2)
G.add_node(3,level=2)
G.add_node(4,level=3)

G.add_edge(1,2)
G.add_edge(1,3)
G.add_edge(2,4)

nx.draw(G, pos=graphviz_layout(G), node_size=1600, cmap=plt.cm.Blues,
        node_color=range(len(G)),
        prog='dot')
plt.show()

问题是,我怎么能用以下节点绘制图形:

• 使用白色背景颜色
• 里面有标签
• 有导向箭头
• 可选地,箭头显示一定的重量
• 自动或手动安排得很好

类似于下图的东西

正如您在该图像中看到的那样,节点非常好地对齐

Answer 1

由于您有Graphviz,您可以使用它来制作漂亮的图纸并控制图纸的元素.'dot'布局引擎可以很好地定位像你的例子中的有向图.例如

import networkx as nx
import pylab as plt
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout, to_agraph
import pygraphviz as pgv

G = nx.DiGraph()
G.add_node("A",rank=0)
G.add_nodes_from(['B','C','D'],style='filled',fillcolor='red')
G.add_nodes_from(['D','F','G'])
G.add_nodes_from(['H'],label='target')
G.add_edge('A','B',arrowsize=2.0)
G.add_edge('A','C',penwidth=2.0)
G.add_edge('A','D')
G.add_edges_from([('B','E'),('B','F')],color='blue')
G.add_edges_from([('C','E'),('C','G')])
G.add_edges_from([('D','F'),('D','G')])
G.add_edges_from([('E','H'),('F','H'),('G','H')])

# set defaults
G.graph['graph']={'rankdir':'TD'}
G.graph['node']={'shape':'circle'}
G.graph['edges']={'arrowsize':'4.0'}

A = to_agraph(G)
print(A)
A.layout('dot')
A.draw('abcd.png')

产生输出

strict digraph {
    graph [rankdir=TD];
    node [label="\N",
        shape=circle
    ];
    A    [rank=0];
    C    [fillcolor=red,
        style=filled];
    A -> C   [penwidth=2.0];
    B    [fillcolor=red,
        style=filled];
    A -> B   [arrowsize=2.0];
    D    [fillcolor=red,
        style=filled];
    A -> D;
    C -> E;
    C -> G;
    B -> E   [color=blue];
    B -> F   [color=blue];
    D -> G;
    D -> F;
    H    [label=target];
    E -> H;
    G -> H;
    F -> H;
}

由dot渲染为

您可以在http://www.graphviz.org/doc/info/attrs.html上阅读有关可调节绘图参数的信息