来自两个独立数据帧的距离矩阵

Question

我想创建一个矩阵,其中包含从一个数据帧到另一个数据帧的行的欧几里德距离.例如,假设我有以下数据框:

a <- c(1,2,3,4,5)
b <- c(5,4,3,2,1)
c <- c(5,4,1,2,3)
df1 <- data.frame(a,b,c)

a2 <- c(2,7,1,2,3)
b2 <- c(7,6,5,4,3)
c2 <- c(1,2,3,4,5)
df2 <- data.frame(a2,b2,c2)

我想创建一个矩阵,其中df1中每行的距离与df2的行相距.

因此矩阵[2,1]应该是df1 [2,]和df2 [1,]之间的欧氏距离.矩阵[3,2] df [3,]和df2 [2,]等之间的距离.

有谁知道如何实现这一目标？

Answer 1

也许您可以使用该fields软件包:该函数rdist可能会执行您想要的操作:

rdist:欧氏距离矩阵
描述:给定两组位置计算所有配对中的欧几里德距离矩阵.

> rdist(df1, df2)
     [,1]     [,2]     [,3]     [,4]     [,5]
[1,] 4.582576 6.782330 2.000000 1.732051 2.828427
[2,] 4.242641 5.744563 1.732051 0.000000 1.732051
[3,] 4.123106 5.099020 3.464102 3.316625 4.000000
[4,] 5.477226 5.000000 4.358899 3.464102 3.316625
[5,] 7.000000 5.477226 5.656854 4.358899 3.464102

与pdist包装的情况类似

pdist:分区矩阵的观察值之间的距离
描述:计算矩阵X的行与另一个矩阵Y的行之间的欧氏距离.

> pdist(df1, df2)
An object of class "pdist"
Slot "dist":
[1] 4.582576 6.782330 2.000000 1.732051 2.828427 4.242640 5.744563 1.732051
[9] 0.000000 1.732051 4.123106 5.099020 3.464102 3.316625 4.000000 5.477226
[17] 5.000000 4.358899 3.464102 3.316625 7.000000 5.477226 5.656854 4.358899
[25] 3.464102
attr(,"Csingle")
[1] TRUE

Slot "n":
[1] 5

Slot "p":
[1] 5

Slot ".S3Class":
[1] "pdist"

#

注意:如果您正在寻找行之间的欧几里德规范,您可能需要尝试:

a <- c(1,2,3,4,5)
b <- c(5,4,3,2,1)
c <- c(5,4,1,2,3)
df1 <- rbind(a, b, c)

a2 <- c(2,7,1,2,3)
b2 <- c(7,6,5,4,3)
c2 <- c(1,2,3,4,5)
df2 <- rbind(a2,b2,c2)

rdist(df1, df2)

这给出了:

> rdist(df1, df2)
         [,1]     [,2]     [,3]
[1,] 6.164414 7.745967 0.000000
[2,] 5.099020 4.472136 6.324555
[3,] 4.242641 5.291503 5.656854