Sve*_*ken 6 curl r libcurl rcurl
我尝试了多种方法来安装 RCurl,但没有成功。我在输出中得到这个:
\n\n * installing *source* package \'RCurl\' ...\n** package \'RCurl\' successfully unpacked and MD5 sums checked\n** libs\nC:/Users/XXX/Documents/R/Rtools/mingw_64/bin/gcc -I"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/include" -DNDEBUG -I/include -DHAVE_LIBIDN_FIELD=1 -DHAVE_CURLOPT_URL=1 -DHAVE_CURLINFO_EFFECTIVE_URL=1 -DHAVE_CURLINFO_RESPONSE_CODE=1 -DHAVE_CURLINFO_TOTAL_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_NAMELOOKUP_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CONNECT_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_PRETRANSFER_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_SIZE_UPLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_SIZE_DOWNLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_SPEED_DOWNLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_SPEED_UPLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_HEADER_SIZE=1 -DHAVE_CURLINFO_REQUEST_SIZE=1 -DHAVE_CURLINFO_SSL_VERIFYRESULT=1 -DHAVE_CURLINFO_FILETIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CONTENT_LENGTH_DOWNLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_CONTENT_LENGTH_UPLOAD=1 -DHAVE_CURLINFO_STARTTRANSFER_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CONTENT_TYPE=1 -DHAVE_CURLINFO_REDIRECT_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_REDIRECT_COUNT=1 -DHAVE_CURLINFO_PRIVATE=1 -DHAVE_CURLINFO_HTTP_CONNECTCODE=1 -DHAVE_CURLINFO_HTTPAUTH_AVAIL=1 -DHAVE_CURLINFO_PROXYAUTH_AVAIL=1 -DHAVE_CURLINFO_OS_ERRNO=1 -DHAVE_CURLINFO_NUM_CONNECTS=1 -DHAVE_CURLINFO_SSL_ENGINES=1 -DHAVE_CURLINFO_COOKIELIST=1 -DHAVE_CURLINFO_LASTSOCKET=1 -DHAVE_CURLINFO_FTP_ENTRY_PATH=1 -DHAVE_CURLINFO_REDIRECT_URL=1 -DHAVE_CURLINFO_PRIMARY_IP=1 -DHAVE_CURLINFO_APPCONNECT_TIME=1 -DHAVE_CURLINFO_CERTINFO=1 -DHAVE_CURLINFO_CONDITION_UNMET=1 -DHAVE_CURLOPT_KEYPASSWD=1 -DHAVE_CURLOPT_DIRLISTONLY=1 -DHAVE_CURLOPT_APPEND=1 -DHAVE_CURLOPT_KRBLEVEL=1 -DHAVE_CURLOPT_USE_SSL=1 -DHAVE_CURLOPT_TIMEOUT_MS=1 -DHAVE_CURLOPT_CONNECTTIMEOUT_MS=1 -DHAVE_CURLOPT_HTTP_TRANSFER_DECODING=1 -DHAVE_CURLOPT_HTTP_CONTENT_DECODING=1 -DHAVE_CURLOPT_NEW_FILE_PERMS=1 -DHAVE_CURLOPT_NEW_DIRECTORY_PERMS=1 -DHAVE_CURLOPT_POSTREDIR=1 -DHAVE_CURLOPT_OPENSOCKETFUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_OPENSOCKETDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_COPYPOSTFIELDS=1 -DHAVE_CURLOPT_PROXY_TRANSFER_MODE=1 -DHAVE_CURLOPT_SEEKFUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_SEEKDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_CRLFILE=1 -DHAVE_CURLOPT_ISSUERCERT=1 -DHAVE_CURLOPT_ADDRESS_SCOPE=1 -DHAVE_CURLOPT_CERTINFO=1 -DHAVE_CURLOPT_USERNAME=1 -DHAVE_CURLOPT_PASSWORD=1 -DHAVE_CURLOPT_PROXYUSERNAME=1 -DHAVE_CURLOPT_PROXYPASSWORD=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_HOST_PUBLIC_KEY_MD5=1 -DHAVE_CURLOPT_NOPROXY=1 -DHAVE_CURLOPT_TFTP_BLKSIZE=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKS5_GSSAPI_SERVICE=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKS5_GSSAPI_NEC=1 -DHAVE_CURLOPT_PROTOCOLS=1 -DHAVE_CURLOPT_REDIR_PROTOCOLS=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_AUTH_TYPES=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_PUBLIC_KEYFILE=1 -DHAVE_CURLOPT_SSH_PRIVATE_KEYFILE=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_SSL_CCC=1 -DHAVE_CURLOPT_COOKIELIST=1 -DHAVE_CURLOPT_IGNORE_CONTENT_LENGTH=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_SKIP_PASV_IP=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_FILEMETHOD=1 -DHAVE_CURLOPT_LOCALPORT=1 -DHAVE_CURLOPT_LOCALPORTRANGE=1 -DHAVE_CURLOPT_CONNECT_ONLY=1 -DHAVE_CURLOPT_CONV_FROM_NETWORK_FUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_CONV_TO_NETWORK_FUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_CONV_FROM_UTF8_FUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_MAX_SEND_SPEED_LARGE=1 -DHAVE_CURLOPT_MAX_RECV_SPEED_LARGE=1 -DHAVE_CURLOPT_FTP_ALTERNATIVE_TO_USER=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKOPTFUNCTION=1 -DHAVE_CURLOPT_SOCKOPTDATA=1 -DHAVE_CURLOPT_SSL_SESSIONID_CACHE=1 -DHAVE_CURLOPT_WRITEDATA=1 -DCURL_STATICLIB -I"d:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/include" -O2 -Wall -std=gnu99 -mtune=core2 -c base64.c -o base64.o\nIn file included from base64.c:1:0:\nRcurl.h:4:23: fatal error: curl/curl.h: No such file or directory\n #include <curl/curl.h>\n ^\ncompilation terminated.\nmake: *** [base64.o] Error 1\nWarning: running command \'make -f "Makevars.win" -f "C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/etc/x64/Makeconf" -f "C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/share/make/winshlib.mk" SHLIB="RCurl.dll" WIN=64 TCLBIN=64 OBJECTS="base64.o curl.o curlInit.o curl_base64.o enums.o json.o memoryManagement.o myUTF8.o"\' had status 2\nERROR: compilation failed for package \'RCurl\'\n* removing \'C:/Users/XXX/Documents/R/win-library/3.3/RCurl\'\nWarning in install.packages :\n running command \'"C:/PROGRA~1/R/R-33~1.1/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\\Users\\XXX\\Documents\\R\\win-library\\3.3" C:\\Users\\XXX\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpKOtnyD/downloaded_packages/RCurl_1.95-4.8.tar.gz\' had status 1\nWarning in install.packages :\n installation of package \xe2\x80\x98RCurl\xe2\x80\x99 had non-zero exit status\nRun Code Online (Sandbox Code Playgroud)\n\n我已在 Windows 10 中成功安装了curl(C:curl 中的“curl_X64_ssl”版本)并使其运行。我还在 R 中安装了“curl”包,没有任何问题。我已尝试将此“curl.h”文件手动添加到 Windows 和 R 目录,但它没有解决问题。\n还有其他选项吗?
\n小智 3
由于 OP 没有给出 Bioconductor 解决方案脚本,因此以下是对我有用的内容:
## First install BiocManager pkg
install.packages("BiocManager")
## Use install function from said pkg
BiocManager::install()
## You'll get prompt in console roughly like
## "Old packages: 'RCurl'
## Update all/some/none? [a/s/n]:" - type 'a'
a
## hope this works
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)