从循环生成ggplots(并生成文件),而不在RMarkdown中打印任何可见输出

Question

我正在建造一个包含数字,文本和图表的表格.我用ggplot构建了我的情节,然后将它们添加到表格中(请参阅下面的代码).因为我(最终)会有很多情节,所以我需要使用循环来有效地创建它们.但是,由于ggplot似乎需要打印才能为每个绘图生成图像链接,我无法使用invisible(),随后在下面的图像顶部得到令人讨厌的'[ 1 ] [[2]] [[3]]'输出.

如何在不打印ggplot的任何可见输出的情况下编译文档？

```{r score_table, fig.show = "hide", echo = FALSE, fig.height=.75, fig.width=2.5}

#Load libraries
library(knitr)
library(ggplot2)

#Item data
items <- data.frame(text = sapply(1:3, FUN = function(x){
  paste0(sample(x = LETTERS, size = 60, replace = T), collapse = "")}))

#Score data
score_set = replicate(n = 3, expr = {data.frame(other = rep("other", 4),
  score=sample(1:7,4,TRUE))}, simplify = F)

#Plot function
plotgen<-function(score_set,other,score){
  p <- ggplot(score_set, aes(factor(other), score))
  p + geom_violin(fill = "#99CCFF") + coord_flip() + scale_x_discrete(name=NULL) +
    scale_y_continuous(breaks = round(seq(1, 7, by = 1),1), limits = c(1,7), name=NULL) +
    theme(axis.text.y=element_blank(),axis.title.y=element_blank(),axis.ticks.y=elemen    t_blank(),
          panel.grid.major.y = element_line(colour = "black"),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          panel.background = element_rect(fill = "white"),
          panel.border = element_rect(colour = "black", fill=NA, size=1)) +
    geom_hline(yintercept=sample(1:7,1,TRUE), size = 1.5, colour = "#334466")
}

#Generate plots
print(lapply(seq_along(score_set), FUN = function(x){plotgen(score_set[[x]],other,score)}))

out <- cbind(row.names(items), as.character(items$text), sprintf("![](%s%s-%s.png)", 
       opts_current$get("fig.path"), opts_current$get("label"), 1:nrow(items)))

#Build table
kable(out, col.names = c("ID", "Text", "Scores"))
```

Answer 1

lapply返回一个列表.当你print一个列表,不管它的内容,它也打印列表索引,[[1]],[[2]],[[3]],...如果改为保存列表,

plot_list <- lapply(seq_along(score_set), FUN = function(x){plotgen(score_set[[x]],other,score)})

然后打印列表中的每个图而不是打印整个列表(这我们可以包装,invisible()因此不打印返回的列表)

invisible(lapply(plot_list, print))

它不会打印列表的索引.因为您将单独打印每个绘图,而不是打印恰好包含绘图的列表.

在一个简单的列表上演示:

x = list(1, 2, 3)
print(x)
# [[1]]
# [1] 1
# 
# [[2]]
# [1] 2
# 
# [[3]]
# [1] 3

invisible(lapply(x, print))
# [1] 1
# [1] 2
# [1] 3

另一种解决方案,不需要invisible因为它没有return任何东西,只是一个for循环:

 for (i in seq_along(plot_list)) print(plot_list[[i]])

我会留给你看看你喜欢哪个.

解决for循环会变慢的担忧:

p = ggplot(mtcars, aes(x = hp, y = mpg)) + geom_point()
plist = list(p, p)

library(microbenchmark)
microbenchmark(
    forloop = {for (i in seq_along(plist)) print(plist[[i]])},
    lapply = invisible(lapply(plist, print)),
    times = 10L
)

# Unit: milliseconds
#     expr      min       lq     mean   median       uq      max neval cld
#  forloop 260.4532 271.2784 295.8415 276.1587 289.7507 402.1792    10   a
#   lapply 258.8032 269.5915 296.2268 287.9524 294.8860 398.6803    10   a

差异是几毫秒.