knitr：无法创建带有 utf-8 字符的图形

Question

以下是我的 .Rnw 文件：

\documentclass{article}
\begin{document}

<<myChunk>>=
options(warn = 2)
library(ggplot2)
library(directlabels)
data(BodyWeight,package="nlme")
BodyWeight$temp <- as.character(BodyWeight$Rat)
BodyWeight$temp[BodyWeight$temp == "4"] <- "HI?"
p <- qplot(Time,weight,data=BodyWeight,colour=temp,geom="line")
direct.label(p,"first.qp")
@

\end{document}

以下是我从 R 调用 knitr 的方式：

library(knitr)
# I have tryied this but doesn't make difference:
# pdf.options(encoding='ISOLatin2.enc')
knit("mwe_knitr.Rnw")

我得到以下输出：

> knit("mwe_knitr.Rnw")


processing file: mwe_knitr.Rnw
  |......................                                           |  33%
  ordinary text without R code

  |...........................................                      |  67%
label: myChunk
Quitting from lines 5-13 (mwe_knitr.Rnw) 
Error in grid.Call(L_convert, x, as.integer(whatfrom), as.integer(whatto),  : 
  (converted from warning) conversion failure on 'HI?' in 'mbcsToSbcs': dot substituted for <e2>

我尝试了编码的解决方案，例如发布在这里： Rhtml：警告：'mbcsToSbcs'中'<var>'的转换失败：点替换<var>

（我在上面的评论中指出我尝试解决该问题的确切方法）但它似乎对我没有任何改变。

我在 Ubuntu 上使用 R 3.3.1 和 knitr 包 1.13。

Answer 1

使用该cairo_pdf设备似乎可以解决此问题。在setup下面的块中，我将设备选项设置为cairo_pdf设备（即开始的行option(device = ...），并将全局块选项设置dev为默认为“cairo_pdf”（在开始的行中knitr::opts_chunk$set(...）。knitr文档（参见多字节字符编码部分）和问题 #436 中讨论了这种方法。

我做了一些其他的改变：

1. "HI?"我没有使用“硬编码”，而是将 Unicode 符号用于下标 2, "\U2082".

2. 将绘图调用更改为“标准”ggplot 而不是 qplot。

3. 从directlabels制作绘图后调用更改为调用geom_dl以在“标准”ggplot 工作流程中添加直接标签。

4. 设置fontfamily内geom_dl。我发现下标 2 是用一些字体系列渲染的，而不是其他字体系列。

5. 将warn选项更改为零（默认值），这样警告就不会变成错误。我只是在测试代码时这样做了，但当然，如果需要，可以将其设置回 2。

块myChunk1a创建情节。该块myChunk1b创建了基本相同的图，但有多个版本，每个版本使用不同的字体系列。在这些版本中，您可以看到下标 2 是使用某些字体系列呈现的，而其他字体系列则没有。我不确定是什么决定了这一点，结果在您的系统上可能会有所不同。

\documentclass{article}
\begin{document}

<<setup, include=FALSE>>=
options(warn = 0)
options(device = function(file, width = 7, height = 7, ...) {
  cairo_pdf(tempfile(), width = width, height = height, ...)
})
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, dev="cairo_pdf")
@

<<myChunk>>=
library(ggplot2)
library(directlabels)
library(gridExtra)
library(dplyr)

data(BodyWeight,package="nlme")
BodyWeight$temp <- as.character(BodyWeight$Rat)

BodyWeight$temp[BodyWeight$temp=="4"] = "HI\U2082"

# Change first value so that HI2 label is easily visible
BodyWeight$weight[BodyWeight$temp=="HI\U2082" & BodyWeight$Time==1] = 350
@

<<myChunk1a, fig.height=5>>=
ggplot(BodyWeight, aes(Time, weight, colour=temp)) + 
  geom_line() +
  geom_dl(method=list("first.qp", fontfamily="Helvetica", cex=1), aes(label=temp)) + 
  theme_bw() +
  ggtitle("Helvetica") +
  guides(colour=FALSE)
@

<<myChunk1b, fig.height=11>>=
# Create several plots, each demonstrating a different font family for the labels
grid.arrange(grobs=lapply(c("Helvetica","Courier","Palatino","Times","Serif"), function(f) {
  ggplot(BodyWeight, aes(Time, weight, colour=temp)) + 
    geom_line() +
    geom_dl(method=list("first.qp", fontfamily=f, cex=1), aes(label=temp)) + 
    labs(x="") + 
    theme_bw() +
    theme(plot.margin=unit(c(0,0,0,0), "lines"),
          text=element_text(size=9)) +
    ggtitle(f) +
    guides(colour=FALSE)
}), ncol=1)
@

<<myChunk2, fig.height=5>>=
data(BodyWeight,package="nlme")
BodyWeight$temp <- as.character(BodyWeight$Rat)

# Change first value so that HI2 label is easily visible
BodyWeight$weight[BodyWeight$temp=="4" & BodyWeight$Time==1] = 350

# Set temp==4 to desired expression
BodyWeight$temp[BodyWeight$temp == "4"] <- paste(expression(HI[2]))

# Convert temp to factor to set order
BodyWeight$temp = factor(BodyWeight$temp, levels=unique(BodyWeight$temp))

qplot(Time, weight, data=BodyWeight, colour=temp, geom="line") +
  guides(colour=FALSE) +
  geom_text(data=BodyWeight %>% group_by(temp) %>%
              filter(Time == min(Time)), 
            aes(label=temp, x=Time-0.5, y=weight), parse=TRUE, hjust=1) +
  theme_bw()
@

\end{document}

这是情节的myChunk1a样子：