在igraph中添加图例以注释差异顶点大小

Question

我有一个图形igraph,其顶点大小编码为一个值.
我希望添加一个带有不同大小的符号(在我的情况下为点)的图例.我尝试了以下代码

require(igraph)
er_graph <- erdos.renyi.game(100, 5/100)
value<-runif(100)
n<-6
size_vec<-seq_len(n)
sizeCut<-cut(value,n)
vertex.size<-size_vec[sizeCut]
plot(er_graph, vertex.label=NA, vertex.size=vertex.size)
legend('topleft',legend=levels(sizeCut),pt.cex=size_vec,col='black')

但以没有符号的图例结束, 请参阅示例

我是怎么走的？

Answer 1

您应该设置pch一些值以指示要用于项目符号的字符(请参阅?points检查可能的值).
此外,您应该缩放pt.cex值以使子弹对于图例不太大,并用于pt.bg设置项目符号的背景颜色,例如

# scaled between 1 and 2
scaled <- 1 + ((2-1) * (size_vec - min(size_vec) ) / (  max(size_vec) - min(size_vec) ) )
legend('topleft',legend=levels(sizeCut),pt.cex=scaled,col='black',pch=21, pt.bg='orange')

编辑:

不幸的是,计算子弹的正确尺寸并不容易; 可能的解决方法是绘制白色项目符号,然后手动将顶点添加到图例中,方法与在plot.igraph函数中绘制它们的方式相同:

# N.B. /200 is taken from plot.igraph source code
a <- legend('topleft',legend=levels(sizeCut),pt.cex=size_vec/200,col='white',
            pch=21, pt.bg='white')
x <- (a$text$x + a$rect$left) / 2
y <- a$text$y
symbols(x,y,circles=size_vec/200,inches=FALSE,add=TRUE,bg='orange')

免责声明:此代码严重依赖于plot.igraph函数的源代码,可能会在未来版本的igraph中更改.可能你应该搜索igraph的另一个绘图功能,它本身允许添加一个图例.