现在,不推荐使用params,更改ggpairs中的颜色

Question

我看到这些帖子 GGally :: ggpairs绘图没有网格线时绘制相关系数 使用ggpairs来创建这个图

阅读后,我能够实现这个黑客https://github.com/tonytonov/ggally/blob/master/R/gg-plots.r,我的情节看起来像这样

我认为这是一个很好的结果,但我无法改变颜色.

MWE就是这个

library(ggally)

# load the hack
source("ggally_mod.R") 
# I saved https://github.com/tonytonov/ggally/blob/master/R/gg-plots.r as "ggally_mod.R"
assignInNamespace("ggally_cor", ggally_cor, "GGally")

ggpairs(swiss)

现在我想跑

ggpairs(swiss, 
 lower=list(continuous="smooth", wrap=c(colour="blue")),
 diag=list(continuous="bar", wrap=c(colour="blue")))

但颜色保持不变.有没有办法改变颜色,因为params不再工作了？

Answer 1

您没有wrap正确使用- 请参阅插图以获取详细信息.另外对于对角线你现在必须使用该功能barDiag(但是ggpairs给出非常有用的错误来告诉这个)

因此,对于您的示例,我们可以更改colour下面板和fill下面条形图中的点

library(GGally)
library(ggplot2)
ggpairs(swiss[1:3], 
        lower=list(continuous=wrap("smooth", colour="blue")),
        diag=list(continuous=wrap("barDiag", fill="blue")))

但是,由于光滑的颜色是硬编码的(请参阅参考资料ggally_smooth),要更改其颜色,您需要定义自己要传递的函数.所以从这里开始

my_fn <- function(data, mapping, pts=list(), smt=list(), ...){
              ggplot(data = data, mapping = mapping, ...) + 
                         do.call(geom_point, pts) +
                         do.call(geom_smooth, smt) 
                 }

# Plot 
ggpairs(swiss[1:4], 
        lower = list(continuous = 
                       wrap(my_fn,
                            pts=list(size=2, colour="red"), 
                            smt=list(method="lm", se=F, size=5, colour="blue"))),
                     diag=list(continuous=wrap("barDiag", fill="blue")))

以类似的方式,这里有一种定义新的上相关函数的方法(类似于你所拥有的)

cor_fun <- function(data, mapping, method="pearson", ndp=2, sz=5, stars=TRUE, ...){

    x <- eval_data_col(data, mapping$x)
    y <- eval_data_col(data, mapping$y)

    corr <- cor.test(x, y, method=method)
    est <- corr$estimate
    lb.size <- sz* abs(est) 

    if(stars){
      stars <- c("***", "**", "*", "")[findInterval(corr$p.value, c(0, 0.001, 0.01, 0.05, 1))]
      lbl <- paste0(round(est, ndp), stars)
    }else{
      lbl <- round(est, ndp)
    }

    ggplot(data=data, mapping=mapping) + 
      annotate("text", x=mean(x, na.rm=TRUE), y=mean(y, na.rm=TRUE), label=lbl, size=lb.size,...)+
      theme(panel.grid = element_blank())
  }


ggpairs(swiss, 
        lower=list(continuous=wrap("smooth", colour="blue")),
        diag=list(continuous=wrap("barDiag", fill="blue")),
        upper=list(continuous=cor_fun))