如果只有超过一定百分比的列存在,那么如何删除具有NA的行？

Question

我想将na.omit(数据)用于以下示例数据集,但是在条件下,只有当它们存在时才会删除带有NAs的行,比如说"超过30%"的列.

数据:

        C1     C2     C3     C4     C5
Gene1   0.07   NA     0.05   0.07   0.07
Gene2   0.2    0.18   0.16   0.15   0.15
Gene3   NA     0.93   0.9    NA     0.92
Gene4   0.32   0.05   0.12   0.13   0.05
Gene5   0.44   0.53   0.46   0.03   0.47
Gene6   NA     0.34   NA     0.8    NA
Gene7   0.49   0.55   0.67   0.49   0.89
Gene8   0.25   NA     0.49   NA     NA
Gene9   0.1    0.1    0.05   NA     0.09

因此生成的文件应如下所示:

        C1     C2     C3     C4     C5
Gene1   0.07   NA     0.05   0.07   0.07
Gene2   0.2    0.18   0.16   0.15   0.15
Gene4   0.32   0.05   0.12   0.13   0.05
Gene5   0.44   0.53   0.46   0.03   0.47
Gene7   0.49   0.55   0.67   0.49   0.89
Gene9   0.1    0.1    0.05   NA     0.09

谢谢您的帮助!

Answer 1

您可以根据NA值的行总和进行子集化:

test[!rowSums(is.na(test)) > ncol(test)*.3,]

        C1   C2   C3   C4   C5
Gene1 0.07   NA 0.05 0.07 0.07
Gene2 0.20 0.18 0.16 0.15 0.15
Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05
Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47
Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89
Gene9 0.10 0.10 0.05   NA 0.09