Python相当于bash排序词典和数字

Question

所以我一直在研究一种将一些信息组合成"床"格式的Python脚本.这意味着我正在使用基因组上的功能,我的第一列是脚手架名称(字符串),第二列是脚手架上的起始位置(整数),第三列是停止位置(整数),其他列包含与我的问题无关的其他信息.我的问题是我的输出未分类.

现在我知道我可以使用这个bash命令对文件进行排序:

$sort -k1,1 -k2,2n -k3,3n infile > outfile

但是在兴趣方面,我想知道是否有办法在Python中实现这一点.到目前为止,我只看到基于列表的排序,处理词典或数字排序.不是两者的结合.那么,你们有什么想法吗？

我的数据片段(我想按列1,2和3排序(按此顺序)):

Scf_3R  8599253 8621866 FBgn0000014 FBgn0191744 -0.097558026153
Scf_3R  8497493 8503049 FBgn0000015 FBgn0025043 0.437973284047
Scf_3L  16209309    16236428    FBgn0000017 FBgn0184183 -1.19105585707
Scf_2L  10630469    10632308    FBgn0000018 FBgn0193617 0.073153454539
Scf_3R  12087670    12124207    FBgn0000024 FBgn0022516 -0.023946795475
Scf_X   14395665    14422243    FBgn0000028 FBgn0187465 0.00300558969397
Scf_3R  25163062    25165316    FBgn0000032 FBgn0189058 0.530118698187
Scf_3R  19757441    19808894    FBgn0000036 FBgn0189822 -0.282508464261

Answer 1

加载数据，使用 排序sorted，写入新文件。

# Load data 
lists = list()
with open(filename, 'r') as f:
    for line in f:
        lists.append(line.rstrip().split())

# Sort data
results = sorted(lists, key=lambda x:(x[0], int(x[1]), int(x[2])))

# Write to a file
import csv
with open(filename, 'w') as f:
    writer = csv.writer(f, delimiter='\t')
    writer.writerows(results)