在R中通过data.table按组生成所有ID对

Question

我有一个data.table，其中有许多个人（具有ID）在许多组中。在每个组中，我想找到id的每种组合（每对个体）。我知道如何使用split-apply-combine方法做到这一点，但我希望data.table会更快。

样本数据：

dat <- data.table(ids=1:20, groups=sample(x=c("A","B","C"), 20, replace=TRUE))

拆分应用合并方法：

datS <- split(dat, f=dat$groups)

datSc <- lapply(datS, function(x){ as.data.table(t(combn(x$ids, 2)))})

rbindlist(datSc)

head(rbindlist(datSc))
V1 V2
1:  2  5
2:  2 10
3:  2 19
4:  5 10
5:  5 19
6: 10 19

我最好的data.table尝试会产生一列，而不是包含所有可能组合的两列：

dat[, combn(x=ids, m=2), by=groups]

提前致谢。

Answer 1

您需要将t(combn())矩阵的结果从转换为data.table或data.frame，因此应该可以：

library(data.table)  
set.seed(10)
dat <- data.table(ids=1:20, groups=sample(x=c("A","B","C"), 20, replace=TRUE))
dt <- dat[, as.data.table(t(combn(ids, 2))), .(groups)]
head(dt)
   groups V1 V2
1:      C  1  3
2:      C  1  5
3:      C  1  7
4:      C  1 10
5:      C  1 13
6:      C  1 14