删除R中所有重复项的最快方法

Question

我想删除在矢量中出现多次的所有项目.具体来说,这包括字符,数字和整数向量.目前,我正在使用duplicated()向前和向后(使用fromLast参数).

是否有更高计算效率(更快)的方法在R中执行此操作？下面的解决方案很简单,可以写入/读取,但执行重复搜索两次似乎效率低下.也许使用额外数据结构的基于计数的方法会更好？

例:

d <- c(1,2,3,4,1,5,6,4,2,1)
d[!(duplicated(d) | duplicated(d, fromLast=TRUE))]
#[1] 3 5 6

相关的SO帖子在这里和这里.

Answer 1

一些时间:

set.seed(1001)
d <- sample(1:100000, 100000, replace=T)
d <- c(d, sample(d, 20000, replace=T))  # ensure many duplicates
mb <- microbenchmark::microbenchmark(
  d[!(duplicated(d) | duplicated(d, fromLast=TRUE))],
  setdiff(d, d[duplicated(d)]),
  {tmp <- rle(sort(d)); tmp$values[tmp$lengths == 1]},
  as.integer(names(table(d)[table(d)==1])),
  d[!(duplicated.default(d) | duplicated.default(d, fromLast=TRUE))],
  d[!(d %in% d[duplicated(d)])],
  { ud = unique(d); ud[tabulate(match(d, ud)) == 1L] },
  d[!(.Internal(duplicated(d, F, F, NA)) | .Internal(duplicated(d, F, T, NA)))]
)
summary(mb)[, c(1, 4)]  # in milliseconds
#                                                                                expr      mean
#1                               d[!(duplicated(d) | duplicated(d, fromLast = TRUE))]  18.34692
#2                                                       setdiff(d, d[duplicated(d)])  24.84984
#3                       {     tmp <- rle(sort(d))     tmp$values[tmp$lengths == 1] }   9.53831
#4                                         as.integer(names(table(d)[table(d) == 1])) 255.76300
#5               d[!(duplicated.default(d) | duplicated.default(d, fromLast = TRUE))]  18.35360
#6                                                      d[!(d %in% d[duplicated(d)])]  24.01009
#7                        {     ud = unique(d)     ud[tabulate(match(d, ud)) == 1L] }  32.10166
#8 d[!(.Internal(duplicated(d, F, F, NA)) | .Internal(duplicated(d,      F, T, NA)))]  18.33475

鉴于评论,让我们看看它们是否都是正确的？

 results <- list(d[!(duplicated(d) | duplicated(d, fromLast=TRUE))],
         setdiff(d, d[duplicated(d)]),
         {tmp <- rle(sort(d)); tmp$values[tmp$lengths == 1]},
         as.integer(names(table(d)[table(d)==1])),
         d[!(duplicated.default(d) | duplicated.default(d, fromLast=TRUE))],
         d[!(d %in% d[duplicated(d)])],
         { ud = unique(d); ud[tabulate(match(d, ud)) == 1L] },
         d[!(.Internal(duplicated(d, F, F, NA)) | .Internal(duplicated(d, F, T, NA)))])
 all(sapply(ls, all.equal, c(3, 5, 6)))
 # TRUE

Answer 2

您可以使用以下rle功能:

tmp <- rle(sort(d))
res <- tmp$values[tmp$lengths == 1]

我们的想法是在向量​​中找到相同值的计数.

这里有很多替代方案:用向量中的x值计算元素的数量

编辑

看完基准后,@ NBATrends我开始怀疑.理论上,与原始duplicated逻辑相比,单次通过计数项目必须快2倍.

我尝试这样做data.table:

library(data.table)
dt <- data.table(d)
res <-  dt[, count:= .N, by = d][count == 1]$d

以下是针对三种解决方案的不同样本规模的基准测试(我将其简化为快速独特的方法):

你可以看到随着样本的增长data.table开始超越其他方法(2x).

这是重现的代码:

set.seed(1001)
N <- c(3, 4, 5, 6 ,7)
n <- 10^N
res <- lapply(n, function(x) {
d <- sample(1:x/10, 5 * x, replace=T)
d <- c(d, sample(d, x, replace=T))  # ensure many duplicates
dt <- data.table(d)
mb <- microbenchmark::microbenchmark(
  "duplicated(original)" = d[!(duplicated(d) | duplicated(d, fromLast=TRUE))],
  "tabulate" = { ud = unique(d); ud[tabulate(match(d, ud)) == 1L] },
  "data.table" = dt[, count:= .N, by = d][count == 1]$d,
  times = 1,unit = "ms")
sm <- summary(mb)[, c(1, 4, 8)]
sm$size = x
return(sm)

})

res <- do.call("rbind", res)

require(ggplot2)
##The values Year, Value, School_ID are
##inherited by the geoms
ggplot(res, aes(x = res$size, y = res$mean, colour=res$exp)) + 
geom_line() + scale_x_log10() + scale_y_log10() +
geom_point()