在 Python 中，`pip -r requirements.txt` 不*递归*安装包？

Question

我正在使用 Python 3.5.1 和 pip 7.1.2：

pip3 --version
pip 7.1.2 from /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages (python 3.5)

在我的 requirements.txt 中，我写道：

pysam>=0.9.0

然后我pip3用来安装这个requirements.txt文件，如下所示：

pip3 install -U -r requirements.txt

这pysam有它自己的依赖项：cython，可以在以下位置看到：https://github.com/pysam-developers/pysam/blob/master/requirements.txt

但是，使用pip3 install -U -r requirements.txt似乎不是pysam递归安装的依赖项，它会抛出一个期望ValueError: no cython installed。

有没有人知道为什么requirements.txt不递归安装？

Answer 1

pysamsetup.py脚本似乎使用requires而不是典型的install_requires; 后者生成 pip 确定其需求所需的元数据。事实上，pysam 似乎需要 cython 才能构建自身，所以更合适的是，它应该使用setup_requires. 如果没有安装 cython，您可以检查安装 pysam 是否以正常方式失败。

（编辑：不起作用） 无论如何，您可以通过在需求文件中将 cython 放在 pysam 之前来解决这个问题；这样，pip 将在 cython 移动到 pysam 之前尝试安装它：

cython>=0.22
pysam>=0.9.0

编辑：要明确的是，这与其本身无关pip -r requirements.txt。这是因为 pip 没有从 pysam 接收到足够的元数据，无法知道它需要先安装 cython，然后再尝试安装 pysam。

第二次编辑：你是对的。安装仍然失败，因为 pip 在进入构建阶段之前尝试从 pysam 设置脚本获取元数据，并且如果未安装 cython，pysam 设置脚本会引发该错误。在这种特定情况下，我不确定除了事先在单独的命令中安装 Cython 之外是否还有其他解决方案。