如何捕获系统的输出()

Question

这个问题的动机是Rmarkdown没有将系统命令的结果输出到html文件.由于某种原因,system()R(或system2())中的输出无法被sink()或捕获capture.output(),因此目前knitr无法记录输出.例如,在R控制台中:

> system('ls')
DESCRIPTION
NAMESPACE
R
README.md
inst
man

但在knitr文档中,您将看不到输出,因为capture.output(system('ls'))是character(0),即输出无法捕获.当然,我可以cat(system('ls', intern = TRUE), sep = '\n')按照我在答案中提到的那样做,但这有点尴尬.我想知道它是否是一种system()不使用intern = TRUE和捕获输出的方法cat().

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更新:请参阅https://github.com/yihui/knitr/issues/1203,了解我为解决问题而提供的黑客攻击.

Answer 1

我不认为你可以这样做(至少在*nix系统上;我没有方便的Windows/Mac系统)因为system看起来无形中返回执行的命令返回的值,并且R似乎没有重定向命令输出到R控制台.

这是因为stdout您的终端与R控制台"stdout"不同.您在R会话中看到的是终端stdout和R进程输出的混合.capture.output正在寻找R进程的输出,而不是stdout父进程的所有输出.

您可以启动一个打印到的进程stdout,将其放在后台,然后启动R ...然后您将在"R输出"中看到该进程的输出,类似于system("ping -c5 8.8.8.8")从R 运行的情况.

josh@computer: /home/josh
> ping -c5 8.8.8.8 & R
[1] 5808
PING 8.8.8.8 (8.8.8.8) 56(84) bytes of data.
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=1 ttl=46 time=39.9 ms

R version 3.2.4 Revised (2016-03-16 r70336) -- "Very Secure Dishes"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
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> 64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=2 ttl=46 time=38.1 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=3 ttl=46 time=38.3 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=4 ttl=46 time=38.4 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=5 ttl=46 time=38.3 ms

--- 8.8.8.8 ping statistics ---
5 packets transmitted, 5 received, 0% packet loss, time 4003ms
rtt min/avg/max/mdev = 38.176/38.656/39.986/0.703 ms

> q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
[1]+  Done                    ping -c5 8.8.8.8

josh@computer: /home/josh
> 

Answer 2

您可以添加一个knitr::system屏蔽base::system. 用户可以像以前一样使用它system::base，但可以通过以下方式捕获输出capture.output：

system <- function(...) {
  stopifnot(!any(names(list(...)) %in% "intern"))
  result <- base::system(..., intern = TRUE)
  print(result)
}

我承认，这有点老套，而且说实话，我不确定可能的副作用。但我认为这值得一试。