如何将统计注释(星号或p值)插入matplotlib/seaborn图？

Question

这似乎是一个微不足道的问题,但我一直在寻找一段时间,似乎无法找到答案.它似乎也应该是这些软件包的标准部分.有没有人知道是否有标准的方法在seaborn中的分布图之间包含统计注释？

例如,在两个盒子或者swarmplots之间？

Answer 1

这里是如何在Seaborn盒子图中添加统计注释:

import seaborn as sns, matplotlib.pyplot as plt

tips = sns.load_dataset("tips")
sns.boxplot(x="day", y="total_bill", data=tips, palette="PRGn")

# statistical annotation
x1, x2 = 2, 3   # columns 'Sat' and 'Sun' (first column: 0, see plt.xticks())
y, h, col = tips['total_bill'].max() + 2, 2, 'k'
plt.plot([x1, x1, x2, x2], [y, y+h, y+h, y], lw=1.5, c=col)
plt.text((x1+x2)*.5, y+h, "ns", ha='center', va='bottom', color=col)

plt.show()

结果如下:

Answer 2

人们也可能有兴趣将几个注释添加到不同的盒子对.在这种情况下,自动处理y轴上不同线条和文本的放置可能是有用的.我写了一个小函数来处理这些情况(参见Github repo),它正确地将行一个堆叠在一起而不重叠.注释可以在图的内部或外部.这是一个最小的例子.

import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
from statannot import add_stat_annotation

sns.set(style="whitegrid")
df = sns.load_dataset("tips")

x = "day"
y = "total_bill"
order = ['Sun', 'Thur', 'Fri', 'Sat']
ax = sns.boxplot(data=df, x=x, y=y, order=order)
add_stat_annotation(ax, data=df, x=x, y=y, order=order,
                    box_pairs=[("Thur", "Fri"), ("Thur", "Sat"), ("Fri", "Sun")],
                    test='Mann-Whitney', text_format='star', loc='outside', verbose=2)

x = "day"
y = "total_bill"
hue = "smoker"
ax = sns.boxplot(data=df, x=x, y=y, hue=hue)
add_stat_annotation(ax, data=df, x=x, y=y, hue=hue,
                    box_pairs=[(("Thur", "No"), ("Fri", "No")),
                                 (("Sat", "Yes"), ("Sat", "No")),
                                 (("Sun", "No"), ("Thur", "Yes"))
                                ],
                    test='t-test_ind', text_format='full', loc='inside', verbose=2)
plt.legend(loc='upper left', bbox_to_anchor=(1.03, 1))