Python中的差异基因表达分析

Question

似乎RNA-Seq的大多数差异基因表达包都是用R.写的.

Examples include:

- edgeR
- limma
- DESeq

是否有任何类似(易于使用)的软件包可用于Python,或者是否已移植任何R软件包？

我能找到的最好的是:

• https://bcbio.wordpress.com/2009/09/13/differential-expression-analysis-with-bioconductor-and-python/
• http://dept.stat.lsa.umich.edu/~kshedden/Python-Workshop/gene_expression_comparison.html

但我真的不想使用rpy2(第一个链接).第二个环节可能就是我要开始的地方,但我首先要确保我不会重新发明轮子.