如何从目录树构建树形图？
wdk*_*nls 15 r dendrogram
给定根绝对目录路径.如何生成其下方所有路径的树状图对象,以便我可以使用R可视化目录树？
假设以下调用返回以下叶节点.
list.files(path, full.names = TRUE, recursive = TRUE)
root/a/some/file.R
root/a/another/file.R
root/a/another/cool/file.R
root/b/some/data.csv
root/b/more/data.csv
我想在R中创建一个类似unix tree程序输出的图:
root
??? a
? ??? another
? ? ??? cool
? ? ? ??? file.R
? ? ??? file.R
? ??? some
? ??? file.R
??? b
??? more
? ??? data.csv
??? some
??? data.csv
如果解决方案涉及将文件系统树分解为两个,那将特别有用data.frame:
- 节点表(我可以使用其包含修改日期等属性)
- 和一个边缘表(也有属性)
然后从这两个data.frames 构建树形图对象.
Kon*_*rad 13
值得补充的是，优秀的fs包提供dir_tree了以非常方便的方式将此功能传递给 R 的功能。
tmp_dir <- tempdir()
# Create some directories
for (i in 1:10) {
dir.create(path = file.path(tmp_dir,
basename(tempfile(pattern = "dir")),
basename(tempfile(pattern = "sub_dir"))),
recursive = TRUE)
}
# Create directory tree
fs::dir_tree(path = tmp_dir, recurse = TRUE)
结果
/tmp/RtmpEhB0ne
??? dir15213121dd5903
? ??? sub_dir1521315a5425ba
??? dir152131227b086f
? ??? sub_dir1521314255d96b
??? dir152131353e6603
? ??? sub_dir1521315b52aeed
??? dir15213136870535
? ??? sub_dir15213127b34f64
??? dir1521313bbf738b
? ??? sub_dir152131473939ea
??? dir152131403f4fd5
? ??? sub_dir152131115296e7
??? dir152131503d0d55
? ??? sub_dir15213114368572
??? dir1521316f0bb0c3
? ??? sub_dir1521314aea266b
??? dir1521317fe305e9
? ??? sub_dir152131bcfe8a
??? dir1521319800dfb
??? sub_dir15213129defd4a
除了打印目录树之外，还可以将发现的路径返回给对象。
sink(file = tempfile(fileext = ".log"))
res_fs_tree <- fs::dir_tree(path = tmp_dir, recurse = TRUE)
sink()
res_fs_tree[[1]]
# [1] "/tmp/RtmpEhB0ne/dir15213121dd5903/sub_dir1521315a5425ba"
Tyl*_*ker 12
这是一种可能的方法来获得您最初要求的系统,如树.这将给出一个data.tree非常灵活的对象,可以像你想要的那样进行绘图,但是我并不完全清楚你想要什么:
path <- c(
"root/a/some/file.R",
"root/a/another/file.R",
"root/a/another/cool/file.R",
"root/b/some/data.csv",
"root/b/more/data.csv"
)
library(data.tree); library(plyr)
x <- lapply(strsplit(path, "/"), function(z) as.data.frame(t(z)))
x <- rbind.fill(x)
x$pathString <- apply(x, 1, function(x) paste(trimws(na.omit(x)), collapse="/"))
(mytree <- data.tree::as.Node(x))
1 root
2 ¦--a
3 ¦ ¦--some
4 ¦ ¦ °--file.R
5 ¦ °--another
6 ¦ ¦--file.R
7 ¦ °--cool
8 ¦ °--file.R
9 °--b
10 ¦--some
11 ¦ °--data.csv
12 °--more
13 °--data.csv
plot(mytree)
你可以得到你想要的部分(我认为),但是它需要你做腿部工作并找出数据类型之间的转换data.tree:https://cran.r-project.org/web/packages/data.tree /vignettes/data.tree.html#tree-conversion
在https://github.com/trinker/pathr#tree中,我在我的pathr包的tree函数中使用这种方法use.data.tree = TRUE
编辑 Per @ Luke的评论如下...... data.tree::as.Node直接走了一条路:
(mytree <- data.tree::as.Node(data.frame(pathString = path)))
levelName
1 root2
2 ¦--a
3 ¦ ¦--some
4 ¦ ¦ °--file.R
5 ¦ °--another
6 ¦ ¦--file.R
7 ¦ °--cool
8 ¦ °--file.R
9 °--b
10 ¦--some
11 ¦ °--data.csv
12 °--more
13 °--data.csv
- 仅供参考，您可以替换所有这些代码，并仅保留顶部创建的 `path` 变量和 `(mytree <- data.tree::as.Node(data.frame(pathString = path)))`。您根本不需要使用 plyr 或进行任何争论。 (2认同)
如果你在 Windows 上，你可以使用我的包dir2json，通过像这样安装它：
drat::addRepo("stlarepo")
install.packages("dir2json")
也可以在 Linux 上使用它，但是有一个链接到 GHC 动态库的 DLL，它必须安装在系统上（而这个 DLL 在 Windows 上是独立的）。
> library(dir2json)
> cat(dir2tree("src"))
src
|
`- contrib
|
+- PACKAGES.gz
|
+- PACKAGES
|
+- jsonAccess_0.1.1.tar.gz
|
+- expansions_1.2.tar.gz
|
`- dir2json_2.1.0.tar.gz
> cat(dir2tree("src", vertical=TRUE))
src
|
contrib
|
---------------------------------------------------------------------------
/ | | | \
PACKAGES.gz PACKAGES jsonAccess_0.1.1.tar.gz expansions_1.2.tar.gz dir2json_2.1.0.tar.gz
该软件包还包含一个 Shiny 应用程序，它生成一个文件夹的交互式 Reingold-Tilford 树表示：
> dir2json::shinyDirTree(".")
