生成范围（i，j）之间的核苷酸k-mers的所有组合

Question

我需要生成所有可能的长度在5至15之间的核苷酸组合的列表。

nucleotides = ['A', 'T', 'G', 'C']

预期成绩：

AAAAA
AAAAT
AAAAC
AAAAG
AAATA
AAATT
...
AAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAT
etc.

我试过了：

for i in range(5,16):
    for j in itertools.permutations(nucleotides, i):
        print j

但是，如果这样做是行不通的len(nucleotides) < i。

提前致谢！

Answer 1

如果要查找所有组合，则应使用.product()as，因为它们.permutations()不会像AAAAA或那样产生重复的核苷酸AATGC。尝试这个：

for i in range(5, 16):
    combinations = itertools.product(*itertools.repeat(nucleotides, i))
    for j in combinations:
        print(j)

更新：如@JaredGoguen所述，该repeat参数也可以在这里使用：

combinations = itertools.product(nucleotides, repeat=i)