你的威胁模型是什么？
如果你只是想防止随意摆弄,md5文件的主要数据,那么写md5总和到最后.要验证,剥去md5总和,然后md5只删除原始文件.
如果你想防止恶意和熟练的破解,你就是运气不好; 您可以复制您使用的任何验证算法,特别是如果它们可以访问程序本身.如果攻击者从程序二进制文件中提取密钥,即使加密签名也可能失败.
如果这是一个大问题,unix解决方案是作为setuid或运行setgid到不同的用户并写入用户无法修改的目录.我不确定什么是一个好的通用Java解决方案,但重点仍然是:用户不应该修改您的数据,因为他们被阻止这样做,而不是因为他们被检测到尝试.
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