ggplot2上的Stat_smooth未显示

Question

ggplot2上的Stat_smooth未显示

我试图在我的ggplot上添加一条lm行，代码看起来像这样：

# RING data:
#### Read data & Converting factors ####
dat <- read.table("RING R kopi.txt", header=TRUE)  
str(dat)
dat$Vial <- as.factor(dat$Vial)
dat$Line <- as.factor(dat$Line)
dat$rep <- as.factor(dat$rep)
dat$fly <- as.factor(dat$fly)  
str(dat)

datSUM <- summaryBy(t05+t10+t15+t20+t25+t30~rep+Conc+Sex+Line+Vial,data=dat, FUN=sum)
fl<-levels(datSUM$Line)
datA <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="a",])
datB <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="b",])
datC <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="c",]) 
datD <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="d",])
datE <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="e",])
datX <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="x",])
datY <- droplevels(datSUM[datSUM$Conc=="y",])


c <- ggplot(Line, t05.sum, data= datA, facets=Sex~rep)
c + stat_smooth(method=lm, fullrange = TRUE) + geom_point()

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

该脚本运行，但未添加任何行，我也尝试使用

c + stat_smooth(method=lm) + geom_point()
c + stat_smooth(method=lm, fullrange=TRUE, alpha = 0.05) + geom_point()
c <- qplot(aes(y=Line, x=t05.sum), data= datA, facets=Sex~rep)
c + stat_smooth(method=lm, fullrange = TRUE) + geom_point()

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

结果：

数据集的子集：

structure（list（rep = structure（c（1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L， 1L，1L，1L，1L，1L），.Label = c（“ 1”，“ 2”，“ 3”），class =“ factor”），Conc =结构（c（1L，1L，1L，1L， 1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L）.Label =“ a”，类别=“因子”），性别=结构（c（1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L ，1L，2L，2L，2L，2L，2L），.Label = c（“ f”，“ m”），class =“ factor”），Line = structure（c（1L，1L，1L，1L，1L ，2L，2L，2L，2L，2L，3L，3L，3L，3L，3L，4L，4L，4L，4L，4L，1L，1L，1L，1L，1L），. Label = c（“ 20” ，“ 23”，“ 40”，“ 73”），类别=“因子”），样品瓶=结构（c（3L，14L，24L，31L，38L，4L，12L，21L，26L，35L，6L，8L，9L，37L，40L，2L，10L，11L，28L，33L，13L， 15L，18L，22L，27L），. Label = c（“ 89”，“ 92”，“ 102”，“ 112”，“ 113”，“ 118”，“ 124”，“ 126”，“ 137”， “ 138”，“ 139”，“ 152”，“ 154”，“ 155”，“ 161”，“ 163”，“ 166”，“ 168”，“ 171”，“ 173”，“ 179”，“ 182 “，” 184“，” 185“，” 187“，” 201“，” 203“，” 205“，” 215“，” 218“，” 220“，” 222“，” 225“，” 231“， “ 240”，“ 245”，“ 251”，“ 252”，“260“，” 267“），类=” factor“），t05.sum = c（39.15，63.99，44.55，25.65，54.24，8.37，72.09，19.17，56.43，78.24，140.13，29.43，19.71，100.32，92.16 ，11.61，71.55，76.41，123.39，142.29，56.97，66.15，21.33，66.15，33.75），t10.sum = c（59.67，79.65，60.21，8.91，85.44，15.93，101.79，41.85，76.95，84.96，98.55， 36.45、31.59、115.2、92.16、26.88、90.99、95.31、127.17、173.61、74.79、81.27、38.61、80.73、101.25），t15.sum = c（78.57、107.73、80.73、59.67、118.56、39.15、98.01、75.33 ，76.95，90.24，122.85，41.31，51.57，126.24，90.24，43.99，111.51，119.07，134.73，190.89，118.53，121.47，68.64，97.47，120.69），t20.sum = c（92.61，144.45，109.35，89。 139.68、59.13、103.41、109.89、74.25、105.6、127.71、54.81、75.87、132.96、93.12、65.07、147。15，127.17，147.69，212.49，163.35，138.51，89.91，120.15，142.29），t25.sum = c（102.33，162.27，127.71，113.13，168.96，76.41，125.55，135.81，74.79，114.72，136.85，68.31 ，139.2，92.64，111.51，185.49，129.87，145.53，220.05，196.83，151.47，136.35，121.23，154.17），t30.sum = c（127.71，177.93，171.45，148.23，195.84，93.69，145.53，166.05，86。 122.88，147.15，91.53，119.07，142.08，92.16，147.69，200.07，134.73，140.67，226.53，219.51，150.93，155.25，124.47，144.99）），.names = c（“ rep”，“ Conc”，“ Sex” ，“行”，“小瓶”，“ t05.sum”，“ t10.sum”，“ t15.sum”，“ t20.sum”，“ t25.sum”，“ t30.sum”），row.names = c（NA，25L），class =“ data.frame”）138.51，89.91，120.15，142.29），t25.sum = c（102.33，162.27，127.71，113.13，168.96，76.41，125.55，135.81，74.79，114.72，136.35，68.31，95.85，139.2，92.64，111.51，185.87，49。，145.53、220.05、196.83、151.47、136.35、121.23、154.17），t30.sum = c（127.71、177.93、171.45、148.23、195.84、93.69、145.53、166.05、86.13、122.88、147.15、91.53、119.07， 92.16，147.69，200.07，134.73，140.67，226.53，219.51，150.93，155.25，124.47，144.99）），.names = c（“ rep”，“ Conc”，“ Sex”，“ Line”，“ Vial”，“ t05.sum”，“ t10.sum”，“ t15.sum”，“ t20.sum”，“ t25.sum”，“ t30.sum”），row.names = c（NA，25L），class =“ data.frame”）138.51，89.91，120.15，142.29），t25.sum = c（102.33，162.27，127.71，113.13，168.96，76.41，125.55，135.81，74.79，114.72，136.35，68.31，95.85，139.2，92.64，111.51，185.87，49。，145.53、220.05、196.83、151.47、136.35、121.23、154.17），t30.sum = c（127.71、177.93、171.45、148.23、195.84、93.69、145.53、166.05、86.13、122.88、147.15、91.53、119.07， 92.16，147.69，200.07，134.73，140.67，226.53，219.51，150.93，155.25，124.47，144.99）），.names = c（“ rep”，“ Conc”，“ Sex”，“ Line”，“ Vial”，“ t05.sum”，“ t10.sum”，“ t15.sum”，“ t20.sum”，“ t25.sum”，“ t30.sum”），row.names = c（NA，25L），class =“ data.frame”）127.71，113.13，168.96，76.41，125.55，135.81，74.79，114.72，136.35，68.31，95.85，139.2，92.64，111.51，185.49，129.87，145.53，220.05，196.83，151.47，136.35，121.23，154.17。 = c（127.71，177.93，171.45，148.23，195.84，93.69，145.53，166.05，86.13，122.88，147.15，91.53，119.07，142.08，92.16，147.69，200.07，134.73，140.67，226.53，219.51，150。，144.99）），.Names = c（“ rep”，“ Conc”，“ Sex”，“ Line”，“ Vial”，“ t05.sum”，“ t10.sum”，“ t15.sum”，“ t20 .sum“，” t25.sum“，” t30.sum“），row.names = c（NA，25L），class =” data.frame“）127.71，113.13，168.96，76.41，125.55，135.81，74.79，114.72，136.35，68.31，95.85，139.2，92.64，111.51，185.49，129.87，145.53，220.05，196.83，151.47，136.35，121.23，154.17。 = c（127.71，177.93，171.45，148.23，195.84，93.69，145.53，166.05，86.13，122.88，147.15，91.53，119.07，142.08，92.16，147.69，200.07，134.73，140.67，226.53，219.51，150。，144.99）），.Names = c（“ rep”，“ Conc”，“ Sex”，“ Line”，“ Vial”，“ t05.sum”，“ t10.sum”，“ t15.sum”，“ t20 .sum“，” t25.sum“，” t30.sum“），row.names = c（NA，25L），class =” data.frame“）145.53，220.05，196.83，151.47，136.35，121.23，154.17），t30.sum = c（127.71，177.93，171.45，148.23，195.84，93.69，145.53，166.05，86.13，122.88，147.15，91.53，119.07，14。，147.69，200.07，134.73，140.67，226.53，219.51，150.93，155.25，124.47，144.99）），.names = c（“ rep”，“ Conc”，“ Sex”，“ Line”，“ Vial”，“ t05 .sum”，“ t10.sum”，“ t15.sum”，“ t20.sum”，“ t25.sum”，“ t30.sum”），row.names = c（NA，25L），class =“数据。帧”）145.53，220.05，196.83，151.47，136.35，121.23，154.17），t30.sum = c（127.71，177.93，171.45，148.23，195.84，93.69，145.53，166.05，86.13，122.88，147.15，91.53，119.07，14。，147.69，200.07，134.73，140.67，226.53，219.51，150.93，155.25，124.47，144.99）），.names = c（“ rep”，“ Conc”，“ Sex”，“ Line”，“ Vial”，“ t05 .sum”，“ t10.sum”，“ t15.sum”，“ t20.sum”，“ t25.sum”，“ t30.sum”），row.names = c（NA，25L），class =“数据。帧”）25，124.47，144.99）），.names = c（“ rep”，“ Conc”，“ Sex”，“ Line”，“ Vial”，“ t05.sum”，“ t10.sum”，“ t15.sum” ，“ t20.sum”，“ t25.sum”，“ t30.sum”），row.names = c（NA，25L），class =“ data.frame”）25，124.47，144.99）），.names = c（“ rep”，“ Conc”，“ Sex”，“ Line”，“ Vial”，“ t05.sum”，“ t10.sum”，“ t15.sum” ，“ t20.sum”，“ t25.sum”，“ t30.sum”），row.names = c（NA，25L），class =“ data.frame”）

Answer 1

zel*_*ite 6

我使用dput您发布为datA 的输出。

检查datA，我们可以看到Line是一个因素：

'data.frame':   25 obs. of  11 variables:
 $ rep    : Factor w/ 3 levels "1","2","3": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Conc   : Factor w/ 1 level "a": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Sex    : Factor w/ 2 levels "f","m": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Line   : Factor w/ 4 levels "20","23","40",..: 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 ...
 [TRUNCATED]

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

因此，当您尝试使用“ stat_smooth”时，在尝试使用平滑器时，它不知道如何处理Line的电平。

在绘制之前，需要将“线”转换为数字。

您可以通过更改数据框来做到这一点：

datA$Line <- as.numeric(as.character(Line)) # need to convert before to char
# or the numeric values will become the internal factor numbers and not the labels

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

然后像您一样进行绘图：

c <- qplot(Line, t05.sum, data= datA, facets=Sex~rep)
c + stat_smooth(method=lm, fullrange = TRUE) + geom_point()

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

您还可以在qplot调用上进行转换，如下所示：

c <- qplot(as.numeric(as.character(Line)), t05.sum, 
        data= datA, facets=Sex~rep)

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

归档时间：	9 年，9 月前
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