如何使用 OpenMP 编译在 OS X 中并行 R 包 xgboost？

Question

我在 R 中使用 xgb.cv 和 xgboost。但是，它不能并行工作

我的示例代码如下

library(xgboost)
library(parallel)
param <- list("objective" = "reg:logistic"
          , "eval_metric" = "logloss"
          ,"nthread" = 8
          ,"bst:eta" = .025
          ,"bst:max_depth" = 3
          ,"lambda" = 1
          ,"lambda_bias" = 0
          ,"alpha" = .8
          ,"min_child_weight" = 3
          ,"subsample" = .9
          ,"colsample_bytree" = .6)
bst.cv3 = xgb.cv(param=param, data = x, label = y,
             nfold = 3, nrounds=cv.nround, missing = NA
             ,prediction = TRUE)

但是，上面的代码不起作用。我必须做些什么才能使它们平行？

我在 xgboost 网站和 github 上找到了这个

1. https://github.com/dmlc/xgboost/blob/master/doc/build.md#building-on-osx

2. https://github.com/dmlc/xgboost/issues/276

但是，我无法运行

brew install clang-omp

或者

brew install gcc --without-multilib

sudo 也不起作用 谢谢

Answer 1

不幸的是，以前选择的答案现在已经过时了。该clang-omp软件包在自制软件中不再可用。所以这对我有用。

首先，在外壳上：

brew reinstall gcc --without-multilib

然后，~/.R/Makevars使用以下内容创建文件，确保更新路径，以便它们正确反映安装的 gcc 版本自制软件：

CC=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gcc-6
CXX=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/g++-6
SHLIB_CXXLD=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/g++-6
FC=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gfortran-6
F77=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gfortran-6
MAKE=make -j8

SHLIB_OPENMP_CFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS=-fopenmp

最后，重新启动 R 或 RStudio 并从源代码重新安装软件包。

顺便说一下，在https://asieira.github.io/using-openmp-with-r-packages-in-os-x.html写了一篇关于这个的小博客文章。