从linux shell脚本调用Rscript

Question

任何人都可以建议我如何让这个工作....

我有一个R脚本需要几分钟才能运行并写入几百行输出.我想在这个R脚本周围写一个shell脚本包装器,它将在后台启动R脚本,将其输出传递给一个文件并开始跟随该文件的底部.如果用户然后输入CTRL-C我想要它杀死shell脚本和tail命令但不是R脚本.听起来很简单吧？

我在下面制作了一个简化示例,但我不明白为什么这不起作用.每当我杀死shell脚本时,尽管R脚本显然在后台运行,但它也会被杀死.我试过nohup,disown等没有成功.

example.R

for(i in 1:1000){
   Sys.sleep(1)
   print(i)
}

wrapper.sh

#!/bin/bash

Rscript example.R > logfile &

tail -f logfile

提前致谢!

Answer 1

以下内容似乎在我的 Ubuntu 机器上有效：

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail -f logfile.txt

SIGINT以下是发送至之前的一些相关流程wrapper.sh：

 5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8519 pts/4    00:00:00 wrapper.sh
 8520 ?        00:00:00 R
 8521 pts/4    00:00:00 tail

之后Ctrl+C，您可以看到R仍在运行，但wrapper.sh和tail已被杀死：

 5361 pts/10   00:00:00 bash
 6994 ?        00:00:02 update-notifier
 8520 ?        00:00:00 R

尽管附加Rscript [...]命令&会将其发送到后台，但它仍然是同一进程组的一部分，因此SIGINT也会接收。

我不确定这是否是您的意图，但由于您正在调用tail -f，如果不使用 中断Ctrl+c，即使在 R 进程完成后，正在运行的 shellwrapper.sh也将继续挂起。如果你想避免这种情况，下面的方法应该有效，

#!/bin/bash

setsid Rscript example.R > logfile.txt &

tail --pid="$!" -f logfile.txt

其中"$!"是最后执行的后台进程（Rscript [...]调用）的进程 ID。