如何设置使用管道%>%运算符传递的数据框的行名？

Question

我有一个数据框,我正在dcast使用该reshape2包,我想删除第一列,让它成为数据框的行名称.

原始数据帧,之前dcast:

> corner(df)

ID_full      gene cpm
1  S36-A1   DDX11L1   0
2  S36-A1    WASH7P   0
3  S36-A1 MIR1302-2   0
4  S36-A1   FAM138A   0
5  S36-A1     OR4F5   0

pivot dcast表的功能:

 library(reshape2)

 pivot <- function(x){
             castTable <- x %>% dcast(ID_full ~ gene, value.var="cpm")
             }

之后dcast,包裹在我的pivot功能中:

> corner(df)

ID_full 1060P11.3 A1BG A1BG-AS1 A1CF
1  S36-A1         0    0        0    0
2 S36-A10         0    0        0    0
3 S36-A11         0    0        0    0
4 S36-A12         0    0        0    0
5  S36-A2         0    0        0    0

我希望ID_full成为rownames,并停止作为一个列存在,用管道输送dcasting.我可以在几行中执行此操作,每次都替换数据帧,但我想使用%>%运算符完成所有操作.

我能想到的最好的尝试会涉及到这样的事情,但显然它不起作用:

library(dplyr)

df <- df %>% pivot(.) %>% with(., row.names=df[,1])

我很感激任何建议......这种滋扰让我发疯!

更新:

谢谢你的回答:

这个表达式很好用:

df <- df %>% pivot(.) %>% `rownames<-`(.[,1]) %>% select(-ID_full)

> corner(df)

        1060P11.3 A1BG A1BG-AS1 A1CF        A2M
S36-A1          0    0        0    0    0.00000
S36-A10         0    0        0    0    0.00000
S36-A11         0    0        0    0    0.00000
S36-A12         0    0        0    0    1.62189
S36-A2          0    0        0    0 1170.95000

Answer 1

这会吗？

iris %>% `rownames<-`(seq_len(nrow(iris)))

Answer 2

在更高版本中tidyverse,存在一个更优雅的解决方案:

df <- df %>% pivot(.) %>% column_to_rownames('ID_full')

重要的是,当转到rowname的列作为变量传递时,它也可以工作,这在函数内部是非常方便的!

Answer 3

You can use the magrittr alias set_rownames:

df %>% set_rownames(.$ID_full)