为什么我的matlab程序会使用这么多内存？

Question

我正在写一个matlab程序,它读取大约500个文件.每个文件有20,000行,每行有1个数字.该程序尝试使用这些数字构建20,000*500的矩阵.数字存储为Double,因此每个数字为8个字节.所以我希望这需要20,000*500*8字节,大约是1E8,即100MB.然而这个程序耗尽了我的16GB内存.随着程序的运行,我看到内存使用率稳步上升,GB为GB.我在Ubuntu 14.04上使用Matlab R2015b.

发生了什么？非常感谢您的关注.

这是完整的代码

clear all;
% number of rna bits in the file
filesize = 20532

maxFiles = 480;
rnaCounts = NaN(filesize,maxFiles);

myFolder = '~/_STATS/data3/RNASeqV2/UNC__IlluminaHiSeq_RNASeqV2/Level_3';
filePattern = fullfile(myFolder, '*genes.normalized_results');

theFiles = dir(filePattern);

rnaCounts = NaN(filesize,length(theFiles));


for k = 1 : length(theFiles) 
    mrnaFilename = strtrim(theFiles(k).name);
    fprintf(1, 'Now reading mrnaFile %d %s  \n', k, mrnaFilename);

    % read rna file
    fullFileName = fullfile(myFolder, mrnaFilename);
    rnafid = fopen(fullFileName);

    if rnafid < 0 
       fprintf('====ERROR OPENING RNA FILE =====================');
    end
    rnaline = fgets(rnafid);

    lc = 1;  % line counter
    while ischar(rnaline) && feof(rnafid) ~= 1
       rnaline = fgets(rnafid);
       rnaSplit = strsplit(rnaline);

       % write to the matrix
       rnaCounts(lc,k) = str2num(rnaSplit{2});

       lc = lc + 1;
    end
    fclose(rnafid);

end

Answer 1

经OP验证，str2numLinux版本的Matlab 2015b中的函数存在内存泄漏。无论如何，该函数并不是很有用，因为它旨在解析表示整个矩阵 ( 1 2; 3 4) 的字符串，而不是解析单个数字 ( 1.234) 的典型用例。str2double在进行简单的数字解析时使用；str2num即使没有损坏，它也会更快。

使用不同版本的 Matlab 也可能解决该问题，因为根据我的经验，这些类型的内存错误通常不会从一个版本持续到下一个版本。