在R jupyter笔记本中使用ipython magics？

Question

我安装了jupyter conda install jupyter并且正在运行安装了r kernal的笔记本conda create -n my-r-env -c r r-essentials

我正在运行一个笔记本,并希望从shell运行bash命令.

!echo "hi"
Error in parse(text = x, srcfile = src): <text>:1:7: unexpected string constant
1: !echo "hi"

为了比较,在带有python内核的笔记本中:

!echo "hi"
hi

有没有办法设置R笔记本具有与ipython笔记本相同的功能关于bash命令(也许还有其他魔法)？

Answer 1

对于bash命令,可以使系统命令起作用.例如,在IRkernel中:

system("echo 'hi'", intern=TRUE)

输出:

'hi'

或者查看文件的前5行:

system("head -5 data/train.csv", intern=TRUE)

由于IPython魔法在IPython内核中可用(但不在IRkernel中),我快速检查是否可以使用rPython和PythonInR库访问它们.但是,问题是get_ipython()Python代码不可见,因此以下都不起作用:

library("rPython")
rPython::python.exec("from IPython import get_ipython; get_ipython().run_cell_magic('writefile', 'test.txt', 'This is a test')")

library("PythonInR")
PythonInR::pyExec("from IPython import get_ipython; get_ipython().run_cell_magic('head -5 data/test.csv')")

Answer 2

system可以通过包装调用cat并指定为分隔符来对 的输出进行外观改进\'\\n\'，该分隔符将输出显示在单独的行上，而不是用空格分隔（这是字符向量的默认设置）。这对于像 之类的命令非常有用tree，因为除非用换行符分隔，否则输出的格式没有什么意义。

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比较名为 的示例目录的以下内容test：

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重击

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$ tree test\ntest\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 A1.tif\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 A2.tif\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 A3.tif\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 README\n\xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 src\n    \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 sample.R\n    \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 sample2.R\n\n1 directory, 6 files\n

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Jupyter Notebook 中的 R

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system只是，难以理解的输出：

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> system(\'tree test\', intern=TRUE)\n\n\'test\' \'\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 A1.tif\' \'\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 A2.tif\' \'\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 A3.tif\' \'\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 README\' \'\xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 src\' \'    \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 sample.R\' \'    \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 sample2.R\' \'\' \'1 directory, 6 files\n

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cat+ system，输出类似于 bash：

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> cat(system(\'tree test\', intern=TRUE), sep=\'\\n\')\n\ntest\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 A1.tif\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 A2.tif\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 A3.tif\n\xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 README\n\xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 src\n    \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 sample.R\n    \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80\xe2\x94\x80 sample2.R\n\n1 directory, 6 files\n

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请注意，对于像 之类的命令ls，上面会引入一个换行符，其中输出通常在 bash 中用空格分隔。

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您可以创建一个函数来节省一些输入：

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> # "jupyter shell" function\n> js <- function(shell_command){\n>     cat(system(shell_command, intern=TRUE), sep=\'\\n\')\n> }\n>\n> # brief syntax for shell commands\n> js(\'tree test\')\n

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