报告cor()输出的唯一组合

Question

我想在(融化的)相关矩阵中报告所有唯一值.

如果我做:

melt(cor(x,method="pearson",use="complete.obs"))

我会得到:

VarA    VarA   1
VarA    VarB   0.001
VarA    VarC   -0.002
VarB    VarB   1
VarB    VarA   0.001
VarB    VarC   0.003
VarC    VarC   1
VarC    VarA   -0.002
VarC    VarB   0.003

然而,有些行有效地报告了同样的事情VarA VarB = VarB VarA,所以我真正想要的是:

VarA    VarA   1
VarA    VarB   0.001
VarA    VarC   -0.002
VarB    VarB   1
VarB    VarC   0.003
VarC    VarC   1

甚至更好的奖金删除与自己相关的变量,所以我只得到:

VarA    VarB   0.001
VarA    VarC   -0.002
VarB    VarC   0.003

Answer 1

您可以使用矩阵,这更容易:

res <- cor(iris[,-5])
res[lower.tri(res)] <- NA #assuming there are no actual NAs already
                          # which seems likely with complete.obs
#use lower.tri(res, diag = TRUE) to remove the diagonal too
na.omit(reshape2::melt(res))

#           Var1         Var2      value
#1  Sepal.Length Sepal.Length  1.0000000
#5  Sepal.Length  Sepal.Width -0.1175698
#6   Sepal.Width  Sepal.Width  1.0000000
#9  Sepal.Length Petal.Length  0.8717538
#10  Sepal.Width Petal.Length -0.4284401
#11 Petal.Length Petal.Length  1.0000000
#13 Sepal.Length  Petal.Width  0.8179411
#14  Sepal.Width  Petal.Width -0.3661259
#15 Petal.Length  Petal.Width  0.9628654
#16  Petal.Width  Petal.Width  1.0000000