在Mac 10.11.3上使用RPostgreSQL将R连接到Redshift

Question

[原帖]

我已经看到了几个类似的SO问题,但我认为它们中的任何一个都与操作系统无关.

长话短说,这是我在尝试建立与Redshift的ssl连接时看到的.

library(RPostgreSQL)
drv <- dbDriver("PostgreSQL")
con <- dbConnect(drv,
                 host = "XXXXXXXX.us-east-1.redshift.amazonaws.com",
                 port = 5439,
                 user = "XXXXXXXX",
                 password = "XXXXXXXX",
                 dbname = "db1")

> Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : 
    RS-DBI driver: (could not connect XXXXXXXX@XXXXXXXX.us-east-1.redshift.amazonaws.com on dbname "db1")

我尝试了以下内容,但没有一个有效.

1. 使用R通过SSL连接到Redshift
2. 将文件从PostgreSQL导入R
3. 使用R通过SSL连接到Postgres
4. https://groups.google.com/forum/#!topic/rpostgresql-dev/ELnVUJqjDbk

我在AWS中有一个EC2节点(Ubuntu),在办公室有另一个Mac Pro,所以我尝试使用相同的代码从两者连接.

Linux系统可以复制和粘贴完全相同的代码.这是Sys.info()Linux服务器上的:

sysname                                              Linux
release                                  3.13.0-48-generic
version        #80-Ubuntu SMP Thu Mar 12 11:16:15 UTC 2015
nodename                                   ip-xx-xxx-xx-xx
machine                                             x86_64
login                                              unknown
user                                                  bcui
effective_user                                        bcui

但是,Mac Pro失败并显示完全相同的错误消息.这是Mac Sys.info()(与我的Mac笔记本电脑相同):

sysname                                             Darwin
release                                             15.3.0
version                      Darwin Kernel Version 15.3.0:
                             Thu Dec 10 18:40:58 PST 2015;
                       root:xnu-3248.30.4~1/RELEASE_X86_64
nodename                                    bcui-MBP.local
machine                                             x86_64
login                                                 bcui
user                                                  bcui
effective_user                                        bcui

我想知道导致此错误消息的Mac和Linux配置之间可能有什么不同？

[更新2016/02/10]

我试图卸载R和所有相关文件,然后从自制程序重新安装R:

brew tap homebrew/science
brew install R

相同的错误消息:

> Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : 
    RS-DBI driver: (could not connect XXXXXXXX@XXXXXXXX.us-east-1.redshift.amazonaws.com on dbname "db1")

仅供参考,我可以使用相同的代码连接到其他非ssl Redshift集群,因此它可能与Mac上的openssl相关.

[更新2016/02/11]

更多信息来自@ MasashiMiyazaki的评论:

我已经psql通过CLI使用连接,它工作正常.另外,我也可以使用Python模块成功连接psycopg2.但是,我必须禁用此行.bash_profile才能使它们工作:

export DYLD_LIBRARY_PATH=/usr/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH

Answer 1

在这里黑暗中拍摄。您尝试过RPostgres吗？

像这样安装

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("RcppCore/Rcpp")
devtools::install_github("rstats-db/DBI")
devtools::install_github("rstats-db/RPostgres")

然后测试一下

library(DBI)
library(RPostgres)

con <- dbConnect(RPostgres::Postgres(),
           host = "XXXXXXXX.us-east-1.redshift.amazonaws.com",
           port = 5439,
           user = "XXXXXXXX",
           password = "XXXXXXXX",
           dbname = "db1")