spark ClassNotFoundException 依赖项

Question

我在某个spark项目中添加了第三方 jar 。问题是intelliJ编译和运行代码干净利落。但是，当我在集群中提交它时

./bin/spark-submit --master yarn --class myClass my.jar input output_files 

我得到

java.lang.NoClassDefFoundError: gov/nih/nlm/nls/metamap/MetaMapApi
    at metamap.MetaProcess$2.call(MetaProcess.java:46)
    at metamap.MetaProcess$2.call(MetaProcess.java:28)
    at org.apache.spark.api.java.JavaPairRDD$$anonfun$toScalaFunction$1.apply(JavaPairRDD.scala:1027)
    at org.apache.spark.rdd.PairRDDFunctions$$anonfun$mapValues$1$$anonfun$apply$41$$anonfun$apply$42.apply(PairRDDFunctions.scala:700)
    at org.apache.spark.rdd.PairRDDFunctions$$anonfun$mapValues$1$$anonfun$apply$41$$anonfun$apply$42.apply(PairRDDFunctions.scala:700)
    at scala.collection.Iterator$$anon$11.next(Iterator.scala:328)
    at scala.collection.Iterator$$anon$11.next(Iterator.scala:328)
    at org.apache.spark.rdd.PairRDDFunctions$$anonfun$saveAsHadoopDataset$1$$anonfun$13$$anonfun$apply$6.apply$mcV$sp(PairRDDFunctions.scala:1109)
    at org.apache.spark.rdd.PairRDDFunctions$$anonfun$saveAsHadoopDataset$1$$anonfun$13$$anonfun$apply$6.apply(PairRDDFunctions.scala:1108)
    at org.apache.spark.rdd.PairRDDFunctions$$anonfun$saveAsHadoopDataset$1$$anonfun$13$$anonfun$apply$6.apply(PairRDDFunctions.scala:1108)
    at org.apache.spark.util.Utils$.tryWithSafeFinally(Utils.scala:1285)
    at org.apache.spark.rdd.PairRDDFunctions$$anonfun$saveAsHadoopDataset$1$$anonfun$13.apply(PairRDDFunctions.scala:1116)
    at org.apache.spark.rdd.PairRDDFunctions$$anonfun$saveAsHadoopDataset$1$$anonfun$13.apply(PairRDDFunctions.scala:1095)
    at org.apache.spark.scheduler.ResultTask.runTask(ResultTask.scala:63)
    at org.apache.spark.scheduler.Task.run(Task.scala:70)
    at org.apache.spark.executor.Executor$TaskRunner.run(Executor.scala:213)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1145)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:615)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: gov.nih.nlm.nls.metamap.MetaMapApi
    at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:366)
    at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:355)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:354)
    at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:425)
    at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:358)

我尝试添加jar指定setJar到SparkContextinstance的第三方库，但没有用。然后我将依赖项添加为 Maven 依赖项，但它也没有太大帮助。最后，我尝试指定--jars命令行选项但没有成功。有人可以帮忙吗

Answer 1

以下是与命令一起可用的选项：-

1. 创建一个包含所有依赖项的 fat jar 文件，并将其与 Spark-submit 命令一起使用，如下所示：-

   ./bin/spark-submit --class <MAIN-CLASS> --master yarn --deploy-mode cluster <PATH TO APP JAR FIlE>
   

2. 将 jar 文件复制到http://或FTP://或HDFS://，然后利用SparkConf.setJars并指定完整路径，例如 -SparkConf.setJars(Array("http://mydir/one.jar"))最后以相同的方式使用 Spark-submit 命令，无需任何更改： -

   ./bin/spark-submit --class <MAIN-CLASS> --master yarn --deploy-mode cluster <PATH TO APP JAR FILE>
   

3. 将 jar 文件复制到http://或FTP://或HDFS://，然后使用带有--jars选项的Spark-submit命令：-

   ./bin/spark-submit --class <MAIN-CLASS> --jars <http://mydir/one.jar,http://mydir/two.jar> --master yarn --deploy-mode cluster <PATH TO APP JAR FILE>
   

4. 在SPARK_HOME/spark-default.conf文件中指定变量spark.driver.extraClassPath和，并将值作为依赖 jar 文件的完整路径，然后使用与 #1 中使用的相同的Spark-submit命令spark.executor.extraClassPath

根据用例，任何一种选项都可以工作。如果没有任何效果，那么您可能需要重新检查Spark-submit提供的依赖项命令提供的依赖项

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