文档中的Travis CI R包错误

Question

问候和致敬,

我最近连接了一个包含R包的github仓库给Travis CI.我认为存储库可以很好地构建,但是,有几个检查错误出现,我无法在本地安装的Windows,OS X或Ubuntu 14.04 LTS上复制.

错误源自共享以下共同的功能:

1. 拥有使用@keyword内部编码的roxygen2帮助文档.
2. 是使用Rcpp/RcppArmadillo编写的.

具体来说,我从Travis CI收到以下警告:

在文档对象"内部函数此处"中使用的函数或方法,但不在代码中:

这不是特别成问题,因为它是一个警告.上一篇文章使用@method和@export解决了此示例的不同形式.但是,Rcpp函数不属于OO类(S3/S4/RR).

但是,当Travis CI开始评估软件包的示例时,此警告将成为错误:

错误:找不到函数"这里的内部函数"

并导致构建失败.但是,构建本身应该通过检查,因为函数确实存在.

Travis CI 按以下方式使用建议的准则进行配置:

language: r
sudo: required
warnings_are_errors: true

r_packages:
 - ggplot2
 - devtools
 - RcppArmadillo
 - knitr
 - gridExtra
 - grid

r_build_args: "--no-build-vignettes"
r_check_args: "--no-build-vignettes --as-cran"

注意添加了--no-build-vignettes,因为Travis在构建它们时会出错,因为R代码调用了docs中列出的内部函数之一.

我相信这是最新的面向公众的建设: Travis CI报告(v1.0.1)

CRAN第一版的结果: CRAN报告(v1.0.0)

任何想法都会受到欢迎.

Answer 1

我可以复制笔记本电脑上的警告/错误(运行OS X).我也很确定如果你检查你的存储库,构建tar球然后运行R CMD检查,你将得到与Travis CI相同的警告/错误.(我假设你只从R Studio中检查了你的包裹.)

据我所知道的,问题是你添加R/RcppExports.R和src/RcppExports.cpp你的.gitignore,这意味着这些文件不能在GitHub上.特拉维斯CI不Rcpp::compileAttributes适合你.

有两个简单的解决方案:

1. 从.gitignore中删除R/RcppExports.R并将src/RcppExports.cpp其与其他所有内容一起提交给GitHub.这是有道理的,因为这些文件实际上是你的软件包的一部分,你不应该期望最终用户在安装软件包之前编译它们.我认为这是解决这个问题的正确方法.
2. 在构建包之前,在travis.yml中添加一行以运行Rcpp :: compileAttributes,例如Rscript -e "Rcpp::compileAttributes()".