从bash脚本调用conda source activate

Question

我正试图通过bash脚本激活我的conda env.即使脚本运行正常并且我的PATH似乎在脚本中被更改,它也会在脚本终止后以某种方式重置.我可以source activate test从cmd线调用,它工作正常.下面的输出示例.

脚本:

PycharmProjects/test » cat ./example.sh echo "before calling source: $PATH" source activate test echo "after calling source: $PATH"

输出:

./example.sh
before calling source: /Use rs/me/miniconda3/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Library/TeX/texbin

discarding /Users/me/miniconda3/bin from PATH
prepending /Users/me/miniconda3/envs/test/bin to PATH

after calling source: /Users/me/miniconda3/envs/test/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Library/TeX/texbin`

但如果我echo $PATH在脚本完成后,你可以看到它$PATH没有改变(即没有/Users/me/miniconda3/envs/test/bin):

PycharmProjects/test » echo $PATH /Users/me/miniconda3/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Library/TeX/texbin

Answer 1

交互式外壳

该conda activate命令适用于交互式shell 会话。一种解决方案是有意在交互式 shell 中运行脚本。这可以通过 shebang 来完成（如果计划使用./example.shcall）：

示例.sh

#!/usr/bin/env bash -l
echo "before calling source: $PATH"
## `source activate` is deprecated
conda activate test
echo "after calling source: $PATH"

或者，通过向 shell 指定 via 标志：

## bash
bash -l example.sh

## zsh
zsh -i example.sh

所有这些都假设执行用户已经运行了conda initshell。

使用conda run

对于环境中的编程conda run执行，Conda 提供了命令。让 Conda 保证环境中的执行，而不是搞乱 shell 状态：

crun_example.sh

echo "PATH outside environment: $PATH"

## printing shell variables is complicated by escaping
conda run -n test bash -c "echo \"PATH inside environment: \${PATH}\""

## but realistic application is usually a non-trivial script
conda run -n test python my_script.py

涉及面向用户的 I/O 的代码通常需要一个--live-stream标志。conda run --help详情请参阅。

Answer 2

在较新版本的conda（4.6+）上，我注意到以下作品：

eval "$(conda shell.bash hook)"
conda activate <env-name>

Answer 3

我发现以下内容适用于运行bash shell的Mac OSX:

#!/bin/bash
source /Users/yourname/anaconda/bin/activate your_env
python --version # example way to see that your virtual env loaded as expected

确保使用以下内容编写脚本化可执行文件:

chmod +x yourscript.bash

Answer 4

请参阅下面的链接，

digitalocean 如何在 linux-vps 上读取和设置环境和 shell 变量

以下是网站的片段，

这是因为环境变量仅传递给子进程。没有设置父 shell 环境变量的内置方法。这在大多数情况下都很好，可以防止程序影响调用它们的操作环境。