Alb*_*rto 6 r bayesian linear-regression mcmc mixed-models
我正在使用MCMCglmm包中的一些贝叶斯线性混合模型R.我的数据包括使用错误测量的预测变量.因此,我想建立一个考虑到这一点的模型.我的理解是,基本的混合效应模型MCMCglmm将仅对响应变量(如ols回归)中的误差最小化.换句话说,垂直误差将被最小化.我想最小化与回归线/平面/超平面正交的误差.
MCMCglmm或者我必须使用JAGS/STAN来进行变量误差(也就是总最小二乘)模型? 我在下面列出了一个数据集,其中一个随机变量height用错误来衡量,以说明基本设置MCMCglmm.
library(nlme)
library(MCMCglmm)
data(Orthodont)
set.seed(1234)
Orthodont$height <- c(rnorm(54, 170, 10), rnorm(54, 150, 10))
prior1 <- list(
B = list(mu = rep(0, 3), V = diag(1e+08, 3)),
G = list(G1 = list(V = 1, nu = 1, alpha.mu = 0, alpha.V = 1000)),
R = list(V = 1, nu = 0.002)
)
model1 <- MCMCglmm(
fixed = distance ~ height + Sex,
random = ~ Subject,
rcov = ~ units,
data = Orthodont,
family = "gaussian",
prior = prior1,
nitt = 1.1e+4,
thin = 10,
burnin = 1e+3,
verbose = FALSE
)
summary(model1)
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