R CMD检查指定的库路径

Question

我正在开发一个可以使用devtools加载的包.但

R CMD check asm

给我一个错误信息

Error : package ‘seedDisp’ required by ‘asm’ could not be found

这有点明显,因为它没有安装在全局库中.

但是:我已安装在本地库(./library)中,我.Rprofile在目录中有一个文件,我运行检查如下:

.libPaths(normalizePath("library"))

所以,当我运行R和使用devtools以及load_all(.)它加载的程序包seedDisp安装.

似乎R CMD check确实忽略了通过.Rprofile文件设置的库位置.

所以我试过了

 R CMD CHECK -l ./library asm_0.0.1.tar.gz 

但似乎只-l用于安装在和不找安装的软件包.

如何判断R CMD check在库中查找已安装的软件包./library？

Answer 1

一种方法是通过R_LIBS_USER变量,所以我通常这样做

R_LIBS_USER=/some/other/path R CMD check asm_0.0.1.tar.gz

如果通常在您的系统上设置该变量,则需要执行通常的附加技巧,或者仅通过例如在shell中设置它

export R_LIBS_USER="/some/other/path:${R_LIBS_USER}"
R CMD check asm_0.0.1.tar.gz

此机制与您调用R CMD check它的方式无关,也可与devtools一起使用.