在 R 中使用带有 phylo 对象（无根树）的可爱树

Question

我想使用 cutree() 函数将系统发育树聚类到指定数量的进化枝中。然而， phylo 对象（无根的系统发育树）不是 unltrametric，因此在使用 as.hclust.phylo() 时会返回错误。目标是在保留最大多样性的同时对树的尖端进行子采样，因此希望按指定数量的进化枝进行聚类（然后从每个进化枝中随机采样一个）。这将对具有不同数量所需样本的许多树进行。将无根树强制转换为 hclust 对象的任何帮助，或有关将树（系统对象）系统地折叠为预定义数量的进化枝的不同方法的建议，将不胜感激。

library("ape")
library("ade4")



tree <- rtree(n = 32)

tree.hclust <- as.hclust.phylo(tree)

返回：“as.hclust.phylo(tree) 中的错误：树不是超度量的”

如果我制作所有节点之间的分支长度的距离矩阵，我就可以使用 hclust 来生成集群，然后将 cutree 转换为所需数量的集群：

dm <- cophenetic.phylo(tree)


single <- hclust(as.dist(dm), method="single")
cutSingle <- as.data.frame(cutree(single, k=10))
color <- cutSingle[match(tree$tip.label, rownames(cutSingle)), 'cutree(single, k = 10)']

plot.phylo(tree, tip.color=color)

然而，结果并不理想，因为非常基础的分支聚集在一起。基于树结构的聚类，或者尖端到根的距离将是更可取的。

任何建议表示赞赏！

Answer 1

我不知道这是否是您想要的，但首先您必须使用chronos()，这里有一个可以帮助您的答案： How to conversion a tree to a dendrogram in R?