扩展两个方向的范围

Question

我有一个GRanges对象,我想扩展所有范围,例如两侧1kb,因此每个范围将变为2kb.这很奇怪,但我无法使用inter-range-methodsGenomicRanges或IRanges 来做到这一点.产生所需结果的一种方法是使用两次调整大小,首先扩展5'然后再扩展3'.但这当然非常尴尬.有没有更直接的方式这样做？请指教

gr <- GRanges(c('chr1','chr1'), IRanges(start=c(20, 120), width=10), strand='+')
gr <- resize(gr, fix='start', width=width(gr)+10)
gr <- resize(gr, fix='end', width=width(gr)+10)
gr

Answer 1

GRanges 支持 - 和 + 等运算符

gr + 10 

会做的伎俩。

Answer 2

这很简单.你可以使用start和end功能GenomicRanges.

gr <- GRanges(c('chr1','chr1'), IRanges(start=c(20, 120), width=10), strand='+')
gr
# GRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
#       seqnames     ranges strand
#          <Rle>  <IRanges>  <Rle>
#   [1]     chr1 [ 20,  29]      +
#   [2]     chr1 [120, 129]      +
#   -------
#   seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths

start(gr) <- start(gr) - 10
end(gr) <- end(gr) + 10
gr
# GRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
#      seqnames     ranges strand
#         <Rle>  <IRanges>  <Rle>
#  [1]     chr1 [ 10,  39]      +
#  [2]     chr1 [110, 139]      +
#  -------
#  seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths