use*_*109 14 python caching bioinformatics samtools pysam
我正在使用python/pysam来分析测序数据.在其教程(pysam - 读取和编写SAM文件的界面)中,命令配合说:
'这种方法对于高吞吐量处理来说太慢了.如果需要使用其配合处理读取,则从读取名称的排序文件开始工作,或者更好的是缓存读取.
你会如何"缓存读取"？
nox*_*fox 9
缓存是加速长时间运行的典型方法.它为了计算速度而牺牲了内存.
假设你有一个函数,给定一组参数总是返回相同的结果.不幸的是,这个功能非常慢,你需要调用它相当多的时间来减慢你的程序.
您可以做的是存储有限数量的{parameters:result}组合,并在使用相同参数调用函数时跳过其逻辑.
这是一个肮脏的技巧,但非常有效,特别是如果参数组合与功能速度相比较低.
在Python 3中,有一个用于此目的的装饰器. 在Python 2中,库可以提供帮助,但您需要更多的工作.
归档时间：
9 年，9 月 前
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7 年，7 月 前