knitr文档中的install.packages失败:"试图在不设置镜像的情况下使用CRAN"

Question

使用下面的代码我得到了我想要的数据,但由于某种原因我无法弄清楚knitr是不是让我编译PDF文档,如下所示:

我的代码:

install.packages("weatherData")
library(weatherData)
istanbul <- getWeatherForDate("Istanbul",
                              start_date = Sys.Date() - 41, 
                              end_date = Sys.Date())

没有问题,但我得到以下消息尝试编译PDF:

Quitting from lines 3-31 (ist_weather.spin.Rmd) 
Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: <Anonymous> ... eval -> eval -> install.packages -> grep -> contrib.url
Execution halted

Answer 1

除非你特别要求,否则Knitr会产生一个R会话,没有默认的镜像.我们倾向于忘记在使用Rstudio时我们需要为每个R会话设置CRAN,因为它会处理它,但仅用于交互式使用,而不是针对knitr.

您可以尝试将镜像指定为install.packages参数:

install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

或者,您可以在您的设置中设置默认的CRAN镜像.Rprofile.看到这个答案.

也就是说,通过编译器文档安装软件包并不是一个好主意,你可能会多次编译.如果需要,您应该让人们知道如何安装缺少的软件包,或者至少在再次安装软件包之前测试软件包是否已安装

if(!require(weatherData)) install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

Answer 2

您必须在R中设置CRAN存储库。为此，请启动R或RStudio。在R终端中运行以下代码。

r = getOption("repos")
r["CRAN"] = "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
install.packages("weatherData")

上面的代码在R中定义了CRAN存储库，在下一个软件包安装中，无需再次定义。

另一种方法是简单地运行install.packages("weatherData", repos="http://cran.us.r-project.org")。但是，在第二种解决方案中，未设置存储库，因此您必须在每次安装软件包时将其作为参数传递。